Het herstel van de natuurlijke hydrologie is een essentiële randvoorwaarde voor het bereiken van een goede staat van instandhouding van de tot doel gestelde habitattypes en soorten in het beekdallandschap. Belangrijk hierbij is drainage en infiltratie. De talrijke drainagegrachten in de Kleine Netevallei, die hun functie verloren hebben omdat er geen intensief landbouwgebruik meer is, dienen door de beheerder verondiept of omgelegd te worden. Het belang van infiltratiegebieden zal vergroot worden door het omvormen van naaldhoutbestanden op de landduinen naar inheems loofhout of duinhabitats (zie Prioritaire inspanning 6) waardoor de infiltratiecapaciteit van die landduinen zal verhogen.

In de integrale waterbeheerplannen op stroomgebied-, bekken- en deelbekkenniveau zijn al verscheidene acties opgenomen om de natuurlijke overstromingsdynamiek van de Kleine Nete gedeeltelijk te herstellen. Belangrijke projecten in dit verband zijn de hermeandering van de Kleine Nete ter hoogte van het Olens Broek-Langendonk, de realisatie van een overstromingsgebied op de rechteroever van de Kleine Nete ter hoogte van de Hellekens (beiden door de Vlaamse Milieumaatschappij - VMM) en van tijgebonden habitats in deelgebied 11 (door Waterwegen en Zeekanaal - W&Z).