Een estuarium is het benedenstrooms gedeelte van een rivier dat onder invloed staat van de getijdenwerking van de zee. In tegenstelling tot zeearmen en lagunen is er in estuaria een constante doorvoer van zoet rivierwater. Het estuarium strekt zich landinwaarts uit tot waar het getij meetbaar is. Typerend aan estuaria zijn de uitgesproken getijdendynamiek en de aanwezigheid van overgangen die op elke plaats in het estuarium bepalen welke levensgemeenschappen er zich ontwikkelen. Volgens de longitudinale gradiënt worden meestal drie zones onderscheiden: (a) het beneden-estuarium in open verbinding met de zee waar het water zout tot brak is, (b) het midden-estuarium waar zout en zoet water zich tot brak water vermengen en (c) het bovenestuarium of zoetwatergetijdengebied. In dwarsdoorsnede strekt een estuarium zich uit tussen de springvloedlijn op beide oevers. Subtidaal (permanent onder water) ontstaan kleine en grotere geulen met onderwatergemeenschappen. Intertidaal (bij eb droogvallend) vormen zich langs de randen van het estuarium, tussen de laag- en hoogwaterlijn, slikken met benthische algenvegetaties (kiezelwieren en nopjeswieren). Tussen de hoogwater- en de springvloedlijn ontwikkelen schorren, die met hogere planten zijn begroeid. In sommige andere definities stopt het estuarium aan de grens van de zoutinvloed en de gemiddelde hoogwaterlijn. In Vlaanderen worden evenwel de hoger vernoemde getijdengrens en de springvloedlijn als grens genomen voor de afbakening van estuaria, zodat ook de binnen Europa zeer zeldzame zoetwatergetijdenzone van de Zeeschelde tot het habitattype gerekend wordt. Het habitattype “estuaria” omvat alle habitattypes die buitendijks voorkomen en onder invloed staan van het getij, waardoor er een gedeeltelijke overlap bestaat met andere habitattypes van de bijlage 1 van de Habitatrichtlijn, met name: - Eénjarige pioniervergetaties van slik- en zandgebieden met Salicornia-soorten en andere zoutminnende planten (habitattype 1310). - Vegetaties van Engels slijkgras op de overgang tussen slik en schor in de zoute tot sterk brakke zone (habitattype 1320). - De zout- en brakwaterschorren (habitattype 1330). Brakke schorren hebben een meer verticale structuur dan de lage, vlakke zoute schorren, doordat sommige plantensoorten hoger uitgroeien. - De wilgenbossen in het zoetwatergetijdengebied (habitattype 91E0). - De voedselrijke ruigten in het zoetwatergetijdengebied die enkel bij springvloed onder water komen (habitattype 6430). Op de zoetwaterschorren kunnen pioniervegetaties voorkomen met Ganzenvoet- en Tandzaadsoorten, die tot habitattype 3270 (“rivieren met slikoevers met vegetaties behorend tot het Chenopodium rubri p.p. en Bidention p.p.”) kunnen gerekend worden. Volgende habitats behoren exclusief tot het habitattype “estuaria”: - De permanent water bevattende riviergeul met eventuele waterplantenvegetaties. In Vlaanderen zijn geen recente gegevens bekend van de kenmerkende Zeegras- en Ruppiavegetaties in de zoute en brakke zone, noch van waterplanten in de zoetwatergeul. - De slikken en zandplaten in de brak- en zoetwaterzone die bij laag water droog vallen. - Rietvegetaties op brakke schorren. - De zoetwaterschorren met verruigde rietlanden met Grote brandnetel en vitale rietlanden met lokaal zeer specifieke soorten zoals de Spindotterbloem en biezenvegetaties (Bastaardbies, Ruwe bies, Mattenbies, Heen en de met uitsterven bedreigde Driekantige bies). Het grote voedselaanbod in estuaria geeft aanleiding tot een hoge concentratie aan ongewervelde bodemorganismen, het benthos. In de zoute zone vinden we belangrijke populaties van Grijze garnaal, schelpdieren zoals Nonnetje en Strandgaper en diverse soorten wormen zoals Zandkokerworm en Rode draadworm. Brakwaterslikken hebben een typische fauna, die gedomineerd wordt door Borstelwormen, Slijkgarnaal, Rode draadworm en Oligochaeten. In de zoete zone krijgen we te maken met meer verarmde, maar zeer productieve bodemdiergemeenschappen. Oligochaeten, kleine borstelarme ringwormpjes, zijn vrijwel de enige organismen die zich kunnen handhaven in de actueel heersende, minder goede waterkwaliteit. Ze bereiken soms hoge dichtheden van 2 tot 3 miljoen individuen per vierkante meter. Estuaria zijn belangrijke kraam- en kinderkamers voor mariene vissoorten. In het brakwatergedeelte vormen platvissen zoals Tong, Bot en Schar een belangrijke groep. Veel vissoorten, waaronder Diklipharder, maar ook de bijlage 2-soorten Fint, Zeeprik, Rivierprik en Atlantische zalm, passeren tijdens hun paaimigraties tussen rivier en zee doorheen het estuarium. De grote voedselrijkdom trekt grote aantallen vogels aan met als belangrijkste soorten Grauwe gans, Smient, Wintertaling, Krakeend, Tafeleend en Bergeend, Tureluur, Zilverplevier, Drieteenstrandloper en Scholekster. In de Westerschelde komt een kleine populatie van de Gewone zeehond voor (eveneens een bijlage 2-soort). Zoetwater- en brakwaterschorren zijn belangrijk voor broedende riet- en moerasvogels, zoals Bruine kiekendief, Blauwborst (beide bijlage 1-soorten van de Vogelrichtlijn), Kleine karekiet, Rietzanger, Bosrietzanger, Rietgors, Cetti’s zanger en Baardmannetje. Door de hoge milieudynamiek is de diversiteit aan ongewervelde dieren beperkt en overwegend samengesteld uit gespecialiseerde amfibische en semi-terrestrische dieren. De aanwezige invertebratenlevensgemeenschappen vertonen een duidelijke zonatie, zowel volgens de zout-zoet gradiënt als volgens de hoogteligging (overstromingsfrequentie). Een kenmerkende soort van de hoogtij-zone van zoetwaterschorren is het Getijdenslakje. Ter hoogte van de springtij-zone vinden we de Oeverloofslak en de Oevervlokreeft als typische soorten van zoetwaterschorren.