De aangemelde niet-estuariene habitattypes in de SBZ-deelgebieden buiten de gebieden van het Sigmaplan bezitten actueel veelal een gedegradeerde staat van instandhouding. Habitattype 3140 vormt hierop een uitzondering. Er dient dan ook een kwaliteitsverbetering van de voorkomende habitattypes gerealiseerd te worden door verbeteringen van de habitatstructuur en het verlagen van verstoringsindicatoren. Een ecologisch beheer, afgestemd op de habitats, is hierbij essentieel. Voor de boshabitats wordt een betere structuurkwaliteit nagestreefd met voldoende dikke (dode) bomen, een goed ontwikkelde struik- en kruidlaag, bosranden en open plekken. Door het toepassen van natuurgericht bosbeheer in natuurreservaten, bosreservaten en domeinbossen wordt hieraan tegemoet gekomen. Het zijn maatregelen die reeds in veel beheerplannen voorzien zijn voor domeinen in eigendom van het ANB of de erkende terreinbeherende verenigingen. Bij andere openbare besturen en privébossen in het VEN (of op vrijwillige basis) kan door het toepassen van de Criteria Duurzaam Bosbeheer (CDB) de kwaliteit eveneens verbeterd worden. Bij de grasland- en moerasvegetaties gaat het vaak om een combinatie van inleidende inrichtingsmaatregelen en optimale beheervormen, afgestemd op het beoogde habitattype. Daarnaast zijn ook inspanningen nodig voor kwaliteitsverbetering in eutrofe plassen en voor zeldzame habitattypes zoals drijftillen. Het grootste deel van deze inspanning wordt gedragen door ANB of een terreinbeherende vereniging. Voor het beheer van de graslanden kan een beroep gedaan worden op plaatselijke landbouwers. Zowel ANB als de terreinbeherende verenigingen kunnen hiervoor gebruiksovereenkomsten afsluiten met landbouwers.