Voor het bereiken van een goede staat van instandhouding van de habitattypes en soorten in het beekdallandschap, in de eerste plaats de Europees te beschermen vissoorten, is een verdere verbetering van de waterkwaliteit essentieel. Bij de goedkeuring van de stroomgebiedbeheerplannen voor de Schelde en de Maas op 8 oktober 2010 werden twee trajecten van de Kleine Nete (vanaf de monding van de Aa te Grobbendonk tot de monding van de Desselse Nete te Retie) aangeduid als zogenaamde speerpuntgebieden waarvoor al in 2015 de goede toestand moet worden bereikt. Woningen die ongezuiverd huishoudelijk afvalwater lozen, dienen zo snel mogelijk aangesloten te worden op de riolering of voorzien te worden van een IBA. Overstorten met een belangrijke impact op de waterkwaliteit zullen gesaneerd worden.
In het SBZ komen een aantal zeldzame vissoorten voor. Creatie van bijkomend paai- en opgroeihabitat in de zijlopen van de Kleine Nete zal de populaties van Beekprik, Kleine modderkruiper en Rivierdonderpad versterken. Oeverherstel, hermeandering en het aantakken van oude meanders en zijarmen (bv. ter hoogte van de Langendonk te Herentals) verbeteren de beekstructuur en vergroten hun leefgebied. Ook een betere uitwisseling tussen de zomer- en de winterbedding van de waterlopen vergroot de beschikbare habitatoppervlakte voor deze vissoorten. Voor Rivierdonderpad is het bijkomend van belang om voldoende harde substraten in de waterloopbedding van de Kleine Nete, de Zwarte Nete, de Desselse Nete, … te voorzien. In de waterlopen met Beekprik en Kleine Modderkruiper (Kleine Nete, Zwarte Nete, Desselse Nete, de Molenbeek, de Tappelbeek, de Aa, de Derde beek, … ) dienen ruimingen zoveel mogelijk vermeden te worden. De benedenloop van de Kleine Nete (deelgebied 11) is onderhevig aan het getij en is bijgevolg belangrijk voor de ontwikkeling van estuariene natuur (1130) en essentieel als paaigebied voor de Fint. Het beheer moet hierop maximaal afgestemd worden.
Vismigratieknelpunten vormen een obstakel voor de verdere kolonisatie van de Kleine Nete en haar bovenlopen door Beekprik, Kleine modderkruiper en Rivierdonderpad. De resterende vismigratieknelpunten zullen verder worden weggewerkt, te beginnen met de meest prioritaire. Op de Kleine Nete is bv. de watermolen van Kasterlee nog een knelpunt.
Bij het realiseren van deze inspanning is de betrokkenheid van alle aangelanden (= eigenaars en gebruikers van percelen langs waterlopen) noodzakelijk. Dit omvat zowel de waterbeheerders, privé-eigenaars, landbouwers, overheden en (natuur)verenigingen.
