Bij ontpoldering verschuift een bestaande rivierdijk een eind landinwaarts, zodat een groter deel van de vallei onder de dagelijkse invloed van het getij komt. Er is in dit geval geen scheiding tussen rivier en overstromingsgebied. Bij het afgraven van buitendijkse (slib)storten komt eveneens een groter deel van de vallei onder invloed van het getij en vergroot de oppervlakte van het estuarium. Ontpolderingen en afgravingen leveren extra komberging op, maar bij extreme stormvloeden is de veiligheidswinst kleiner dan bij GOG’s. Ze dragen anderzijds wel bij aan de veiligheid door het afzwakken van de (te) hoge tij-energie (energiedissipatie).

Na inrichting van de ontpolderingsgebieden zal de estuariene natuur zich spontaan ontwikkelen onder invloed van de getijdynamiek van het estuarium. Hierbij ontstaan kreken, slikken en schorren met een mozaïek aan habitattypes. In het brakke deel van het estuarium herbergen deze gebieden de Europese habitattypes 1310, 1320 en 1330 en in het zoete deel de habitat(sub)types 3270, 6430_hw en 91E0_sf. De inrichting van ontpolderingsgebieden vergt de aanleg van een nieuwe rivierdijk, het afgraven en/of bressen van de bestaande rivierdijk, eventueel reliëfaanpassingen en voorbereidende werken waaronder het verwijderen of verplaatsen van aanwezige infrastructuur, kappen van aanplantingen…

Menselijk beheer van deze estuariene gebieden zal beperkt blijven, maar als het behoud van bepaalde successiestadia gewenst is kan natuurbeheer ingesteld worden zoals begrazing om zilte graslanden (habitattype 1330) na te streven of kappen en maaien in zoetwatergetijdegebieden om rietlanden en ruigten (habitattype 6430_hw) te behouden. Het beheer van deze gebieden valt onder de verantwoordelijkheid van n.v. Waterwegen en Zeekanaal.