Om een goede staat van instandhouding voor de estuariene habitattypes en soorten te realiseren is een verdere verbetering van de waterkwaliteit in het estuarium absoluut noodzakelijk. De maatregelen opgenomen in het stroomgebiedbeheerplan voor de Schelde voorzien een verdere verbetering van de waterkwaliteit, waarbij een goede toestand ten laatste bereikt wordt tegen 2027. Met name de maatregelen om verontreinigingen afkomstig van industriële, agrarische en andere bronnen te verminderen, de maatregelen voor en verdere sanering van het centrale gebied en buitengebied en de maatregelen om het rendement van de waterzuiveringsinfrastructuur te verbeteren zullen bijdragen aan een verdere verbetering van de waterkwaliteit. De maatregelen ter beperking van erosie en van de sedimenttoevoer naar de rivieren kunnen leiden tot een verbeterd lichtklimaat in het estuarium. Ook de aanleg van nieuwe estuariene natuurgebieden zoals voorzien door het Sigmaplan zal bijdragen tot een betere waterkwaliteit.