Een aanzienlijke oppervlakte van de SBZ is eigendom van de federale overheid als militair domein. In het kader van de overeenkomst over de samenwerking tussen het Agentschap voor Natuur en Bos en het ministerie van Landsverdediging worden op terrein afspraken gemaakt over het natuurbeheer. Een geïntegreerd natuur- en bosbeheerplan is opgemaakt voor de zones onder protocol. Daarnaast worden afspraken gemaakt over de zones, waarbij het beheer zelf wordt uitgevoerd door de militaire overheid. In de periode 2004-2010 werden herstelmaatregelen van achterstallig beheer uitgevoerd (Life project DANAH). Het verder zetten en volhouden van de beheersinspanningen is noodzakelijk voor de goede staat van instandhouding van tal van essentiële habitats en soorten in het heidecomplex. Daarnaast dient de goedgekeurde visie (toename van 93 ha landduinen, 71 ha droge heide, 4 ha vochtige heide) nog verder gerealiseerd te worden. Voor de zone Lange heuvelheide (schietterrein) dient kwaliteitsverbetering van de droge en vochtige heide en het overgangsveen in overleg besproken en onderzocht te worden. Ook de knelpunten zoals geformuleerd in het geïntegreerd beheerplan (fiches met betrekking tot de ecologische prioriteiten) dienen verder aangepakt te worden.