De doelen voor niet-estuariene habitattypes en soorten worden zo veel als mogelijk ontwikkeld in de overstromingsgebieden van het Sigmaplan. Hierbij wordt uitgegaan van een natuurkernbenadering waarbij wordt gestreefd naar clustering van natuurgebieden en naar invulling met hoogwaardige natuur. In de cluster Kalkense Meersen wordt een kern met voornamelijk (natte) graslanden en moerasvegetaties nagestreefd om leefgebied te creëren voor kwartelkoning, porseleinhoen, roerdomp en andere vogels. Ook op de zijrivieren voorziet het Sigmaplan de ontwikkeling van voldoende grote wetlandkernen. Langs Zenne en Dijle worden graslandkernen voorzien om de potenties voor pimpernelgrasland (6510_hus), glanshavergrasland (6410_hu) en leefgebied voor kwartelkoning en andere habitattypische soorten te ontwikkelen. Zowel langs de Kleine als langs de Grote Nete zijn wetlandkernen voorzien door de inrichting als winterbed, waarbij herstel van moeras- en graslandhabitattypes wordt nagestreefd o.a. om optimaal leefgebied voor moeras- en weidevogels te realiseren. Hetzelfde geldt voor de Durmevallei waar moeraszones in combinatie met ondiepe plassen en graslandkernen worden beoogd. Na verwerving van de gronden wordt in de graslandgebieden een verschralingsbeheer ingesteld om de omvorming van landbouwgrond naar waardevol grasland of geschikt weidevogelgebied te realiseren. Na voldoende verschraling moet een op de doeltypes afgesteld waterbeheer leiden tot de gewenste grondwaterdynamiek (zie prioritaire inspanning 15). Nadien volgt een regulier beheer bestaande uit maaien en afvoeren (hooilandbeheer) of begrazing. In de moerasgebieden bestaat de initiële inrichting uit reliëfaanpassingen (afgraven) of het ondieper maken van bestaande diepe waterplassen gevolgd door een geschikt waterpeilbeheer om de nodige vernatting te bereiken. Het natuurbeheer zal bestaan uit niets doen, kappen van boomopslag en cyclisch maaien van moerasvegetaties.

Het beheer van wetlands met moerassen en graslanden in GOG’s en winterbedding valt onder de verantwoordelijkheid van n.v. Waterwegen en Zeekanaal en de terreinbeherende verenigingen. Het beheer wetlands met moerassen en graslanden buiten GOG’s valt onder de verantwoordelijkheid van ANB en de terreinbeherende verenigingen. Voor het (omvormings)beheer van de graslanden kan een beroep gedaan worden op plaatselijke landbouwers via gebruiksovereenkomsten.