De aangemelde habitattypes in de SBZ bezitten allen een actueel gedeeltelijk aangetaste staat van instandhouding. Voor enkele aangemelde habitattypes (3150 en 7220) bestaat er nog een kennislacune [*] . Er dient dan ook een kwaliteitsverbetering van de voorkomende habitattypes gerealiseerd te worden door een goede habitatstructuur na te streven en de verstoringen te verminderen. Een ecologisch beheer, afgestemd op de habitats, is hierbij essentieel.

Voor de boshabitats wordt een betere structuurkwaliteit nagestreefd met voldoende dikke (dode) bomen, een goed ontwikkelde struik- en kruidlaag, bosranden en open plekken. Door het toepassen van natuurgericht bosbeheer in natuurreservaten, bosreservaten en domeinbossen wordt hieraan tegemoet gekomen. Het zijn maatregelen die reeds in veel beheerplannen voorzien zijn voor domeinen in eigendom van het ANB of de erkende terreinbeherende verenigingen. Bij andere openbare besturen en privébossen in het VEN (of op vrijwillige basis) kan door het toepassen van de Criteria Duurzaam Bosbeheer (CDB) de kwaliteit eveneens verbeterd worden.

Bij de grasland-, moeras- en heidevegetaties gaat het vaak om een combinatie van éénmalige inrichtingsmaatregelen, gevolgd door een regulier beheer dat optimaal afgestemd is op het beoogde habitattype (zie ook verdere prioritaire inspanningen). Merk op dat behoud en herstel van (relictvegetaties van) heischrale graslanden eveneens kan bewerkstelligd worden door het toepassen van CDB (met ontwikkeling van open plekken en bosranden).

Het niet behalen van een minimale aaneengesloten oppervlakte van het habitattype (minimum structuur areaal) is voor vele habitattypes echter een blijvend knelpunt (zie ook verdere prioritaire inspanningen).

[*] de aangemelde habitattypes 6210 en 9190 komen in de SBZ niet voor en expertoordeel wees uit dat de habitattypes geen potenties bezitten in de SBZ.