Een deel van de noodzakelijke extra oppervlakte estuarium (1130) zal worden gerealiseerd in GOG’s. Door een slimme constructie van in- en uitwateringssluizen kan een gecontroleerd gereduceerd getij ingesteld worden, waarbij de getijcyclus van het estuarium, met springtij en doodtij, maar met verminderde amplitude, kan worden benaderd in laaggelegen polders. Na inrichting van deze overstromingsgebieden zal de estuariene natuur zich spontaan ontwikkelen onder invloed van de aangepaste getijdynamiek. Hierbij ontstaan kreken, slikken en schorren met een mozaïek aan habitattypes. In het brakke deel van het estuarium herbergen deze gebieden de Europese habitattypes 1310, 1320 en 1330 en in het zoete deel de habitat(sub)types 3270, 6430_hw en 91E0_sf. De inrichting van deze gebieden vergt de aanleg van dijken en in- en uitwateringscontructies en andere voorbereidende werken waaronder het verwijderen of verplaatsen van aanwezige infrastructuur, kappen van aanplantingen… Menselijk beheer van deze estuariene gebieden zal beperkt blijven, maar als het behoud van bepaalde successiestadia gewenst is kan natuurbeheer ingesteld worden zoals begrazing om zilte graslanden (habitattype 1330) na te streven of kappen en maaien in zoetwatergetijdegebieden om rietlanden en ruigten (habitattype 6430_hw) te behouden. Het beheer van deze gebieden valt onder de verantwoordelijkheid van n.v. Waterwegen en Zeekanaal.