Het herstel van de natuurlijke hydrologie is een essentiële randvoorwaarde voor het bereiken van een goede staat van instandhouding voor de tot doel gestelde habitattypes en soorten in het valleilandschap. De talrijke drainagegrachten in de Grote Netevallei, die hun functie verloren hebben omdat er geen intensief landbouwgebruik meer is, dienen door de beheerder verondiept of omgelegd te worden. De opgepompte debieten van de grondwaterwinning voor drinkwaterproductie in het Scheps dienen verder afgestemd te worden op de standplaatsvoorwaarden van de habitattypes die daar tot doel gesteld worden (mesotrofe elzenbroekbossen en mesotrofe overgangs- en trilvenen). Na het uitvoeren van een ecohydrologische studie zal in de Most een geschikt peilbeheer ingesteld worden voor de tot doel gestelde trilvenen en elzenbroekbossen. Het omvormen van naaldhoutbestanden op de landduinen naar inheems loofhout of duinhabitats (zie PI 7: Versterking van de bestaande boshabitatkernen) zal de infiltratiecapaciteit van die landduinen verhogen.
In de integrale waterbeheerplannen op stroomgebied-, bekken- en deelbekkenniveau zijn reeds verscheidene acties voorzien om de natuurlijke overstromingsdynamiek van de Grote Nete gedeeltelijk te herstellen. Belangrijke projecten van de Vlaamse Milieumaatschappij (VMM), opgenomen in het bekkenbeheerplan (BBP) van het Netebekken, in dit verband zijn de hermeandering van de Grote Nete vanaf de watermolen van Meerhout tot de samenvloeiing met de Molse Nete (actie A15 van het BBP) en het afbakenen van een oeverzone langs de Grote Nete vanaf de samenvloeiing met de Molse Nete tot het Albertkanaal t.b.v. een vrije natuurlijke ontwikkeling (actie A77 van het BBP). In het kader van het geactualiseerd Sigmaplan zal Waterwegen en Zeekanaal (W&Z) afwaarts het Albertkanaal op verschillende plaatsen de dijken langs de Grote Nete verlagen of terugtrekken zodat de rivier bij hoge afvoeren opnieuw haar winterbedding kan innemen. Verder zal binnen het projectgebied van het Sigmaplan het waterpeil in de Grote Nete aanzienlijk opgetrokken worden via het aanleggen van drempels in de bedding. Hierdoor zullen ook de grondwatertafels binnen het projectgebied stijgen. In deelgebied 2 zullen opwaarts de Zammelse brug een 7-tal drempels aangelegd worden in de bedding van de Grote Nete. Daarnaast worden in dit deelgebied een 6-tal dijkverlagingen (bressen) voorzien.
