De aangemelde habitattypes in de SBZ bezitten allen een actueel gedegradeerde staat van instandhouding. Kwaliteitsverbetering van de voorkomende habitattypes moet gerealiseerd worden door verbeteringen van de habitatstructuur en het verlagen van verstoringsindicatoren. Een ecologisch beheer, afgestemd op de habitats, is hierbij essentieel.

Voor de boshabitats wordt een betere structuurkwaliteit nagestreefd met voldoende dikke (dode) bomen, een goed ontwikkelde struik- en kruidlaag, bosranden en open plekken. Door het toepassen van natuurgericht bosbeheer in natuurreservaten, bosreservaten en domeinbossen wordt hieraan tegemoet gekomen. Het betreft maatregelen die reeds in veel beheerplannen voorzien zijn voor domeinen in eigendom van het ANB of van de erkende terrein beherende verenigingen. Bij andere openbare besturen en privébossen in het VEN (of op vrijwillige basis) kan door het toepassen van de Criteria Duurzaam Bosbeheer (CDB) de kwaliteit eveneens verbeterd worden.

Bij de grasland- en moerasvegetaties gaat het vaak om een combinatie van inleidende inrichtingsmaatregelen en optimale beheervormen, afgestemd op het beoogde habitattype (zie ook verdere prioritaire inspanningen).

Het niet behalen van een minimale aaneengesloten oppervlakte van het habitattype (minimum structuur areaal) is voor vele habitattypes echter een blijvend knelpunt (zie ook verdere prioritaire inspanningen).