Een aantal van de habitattypes in de SBZ bezitten een deels gedegradeerde actuele staat van instandhouding. Kwaliteitsverbetering van de voorkomende habitattypes moet gerealiseerd worden door verbeteringen van de habitatstructuur en het verlagen van verstoringsindicatoren. Een ecologisch beheer, afgestemd op de habitats, is hierbij essentieel.

Voor de boshabitats wordt een betere structuurkwaliteit nagestreefd met voldoende dikke (dode) bomen, een goed ontwikkelde struik- en kruidlaag, bosranden en open plekken. Door het toepassen van natuurgericht bosbeheer in natuurreservaten, bosreservaten en domeinbossen wordt hieraan tegemoet gekomen. Het betreft maatregelen die reeds in veel beheerplannen voorzien zijn voor domeinen in eigendom van het ANB of van de erkende terreinbeherende verenigingen. Bij andere openbare besturen en privébossen in het VEN (of op vrijwillige basis) kan door het toepassen van de Criteria Duurzaam Bosbeheer (CDB) de kwaliteit eveneens verbeterd worden.

Bij de grasland- en moerasvegetaties gaat het vaak om een combinatie van inleidende inrichtingsmaatregelen en optimale beheervormen, afgestemd op het beoogde habitattype (zie ook verdere prioritaire inspanningen). Specifiek deelgebied 7 – De Pomperik is uniek dankzij de aanwezigheid van goed ontwikkelde blauwgraslanden (6410), die op Vlaamse schaal van unieke kwaliteit zijn. De nodige maatregelen moeten dan ook genomen worden om de duurzame instandhouding van het habitattype hier te garanderen.

Het niet behalen van een minimale aaneengesloten oppervlakte van het habitattype (minimum structuur areaal) is voor vele habitattypes een blijvend knelpunt.