De aangemelde habitattypes bezitten allen een actueel gedeeltelijk aangetaste staat van instandhouding. Er dient een kwaliteitsverbetering van de voorkomende habitattypes gerealiseerd te worden door een goede habitatstructuur na te streven en de verstoringen te verminderen.

Voor de boshabitats wordt een betere structuurkwaliteit nagestreefd met voldoende dikke en dode bomen, een goed ontwikkelde struik- en kruidlaag, een gevarieerde leeftijdsopbouw, bosranden en open plekken. Door het toepassen van natuurgericht beheer in natuurreservaten, bosreservaten en domeinbossen wordt hieraan tegemoet gekomen. Het zijn maatregelen die reeds in veel beheerplannen voorzien zijn voor domeinen in eigendom van het ANB of de erkende terreinbeherende verenigingen. Bij andere openbare besturen en privébossen in het VEN (of op vrijwillige basis) kan door het toepassen van de Criteria Duurzaam Bosbeheer (CDB) de kwaliteit eveneens verbeterd worden. Het niet behalen van een minimale aaneengesloten oppervlakte van het habitattype (minimum structuur areaal) is voor vele habitattypes een blijvend knelpunt (zie ook verdere prioritaire inspanningen).

Bij de grasland-, moeras- en heidevegetaties gaat het vaak om een combinatie van éénmalige inrichtingsmaatregelen, of tijdelijk omvormingsbeheer, gevolgd door een regulier beheer (ook op vlak van waterhuishouding) dat optimaal afgestemd is op het beoogde habitattype (zie ook verdere prioritaire inspanningen). Daarnaast zijn ook inspanningen nodig voor kwaliteitsverbetering in eutrofe plassen en voor zeldzame habitattypes zoals drijftillen.