In de verschillende beken (Zwarte beek, Dommel-Bolisserbeek, Grote Nete, Broekbeek, Helderbeek en Grote beek) is rechttrekking van de beken, verdiepte ligging, grondige ruimingen, draineringen en deels ook mijnverzakkingen de oorzaak van verdroging van grondwaterafhankelijke laagveenvegetaties en broekbossen. Het leefgebied van beekprik, ijsvogel en de verspreiding van vlottende waterranonkelvegetaties is aangetast door slechte structuurkwaliteit van de beken. Naast het plaatselijk verhogen van het beekbodempeil, ruimte voor hermeandering, opheffen van vismigratieknelpunten is een aangepast ruimingsbeleid noodzakelijk. Na herstel moeten spontane evolutie van de beeklopen de regel worden.
Om deze essentiële prioriteit te realiseren zal naar samenwerking met de waterloopbeheerders, provincie, watering, de gemeenten, de wegbeheerders, private eigenaars en ANB gezocht moeten worden.
In het Natuurinrichtingsproject Zwarte beek zijn maatregelen opgenomen ter herstel van de hydrologie (verhogen beekbodempeil van de Oude beek). Hiervoor dienen alle percelen op het veen binnen de perimeter van het Natuurinrichtingsproject verworven te worden. In functie van herstel van de natuurlijke morfologie van de Zwarte beek en Oude beek en herstel van het veenlichaam worden stroomopwaarts Nieuwendijk beekruimingen grotendeels achterwege gelaten. In de vallei van de Grote Nete zijn in het Landinrichtingsproject maatregelen opgenomen met betrekking tot de hydrologie (verondiepen van beekbodem en verbreden beekprofiel Grote Nete (maatregel 4.2). In het bekkenbeheerplan van de Nete is het opheffen van vismigratieknelpunt t.h.v. Hoolstmolen en Straalmolen opgenomen (A.83 en A82). Voor de Dommel is structuurherstel stroomafwaarts Neerhoksent en hermeanderingsproject ter hoogte van Neerhoksent (A7), vismigratieknelpunt vaste stuw Neerhoksent, Kleine molen en Wedelse molen (A92, A93, A94) opgenomen in het bekkenbeheerplan van de Maas. Ook de deelbekkenbeheerplannen van Zwarte beek, Grote Nete en Dommel voorzien integrale projecten ter verbetering van de beekstructuur.
Zoals het integraal project “Aanleg van een retentiezone na de overstort op de Gortenloop met groene randvoorziening en bijbehorende maatregelen voor optimaliseren van de beekstructuur” voor de vallei van de Grote Nete. Relevant is ook het integrale project “Waterberging en bijbehorende maatregelen in de vallei van de Dommel en de Bolisserbeek”, waarbij overstromingszones worden gezocht in de vallei van de Dommel en de Bolisserbeek. Vooral in deze zones wordt nagekeken hoe tegelijkertijd kan gewerkt worden aan structuurvariatie en vismigratie, waarbij in eerste instantie een project ontwikkeld wordt langs de Mullemer Bemden en de Kleine Beek en de bestaande bodemvallen op de Bolisserbeek. Het lopende project bodemverhoging van de uitgeschuurde Dommel wordt geactiveerd.
Herstel van de natuurlijke beekstructuur en vallei-ecosysteem houdt ook in dat zonevreemde weekendverblijven in de natste delen van de vallei niet kunnen behouden worden. De initiatieven liggen onder meer bij de gemeente (opgenomen in deelbekkenbeheerplan Dommel en Grote Nete). Een uitdoofscenario dient opgemaakt te worden.
