De aangemelde habitattypes in de SBZ bezitten allen een actueel gedegradeerde staat van instandhouding. Er dient dan ook een kwaliteitsverbetering van de voorkomende habitattypes gerealiseerd te worden door verbeteringen van de habitatstructuur en het verlagen van of beter bufferen tegen verstoringsindicatoren. Een aangepast beheer, afgestemd op de habitats, is hierbij essentieel.
Voor de boshabitats wordt een betere structuurkwaliteit nagestreefd met voldoende dikke (levende en dode) bomen, een goed ontwikkelde struik- en kruidlaag, bosranden en open plekken. Door het toepassen van natuurtechnisch bosbeheer in natuur- en bosreservaten en een aangepast multifunctioneel beheer in domeinbossen wordt hieraan tegemoet gekomen. Het zijn maatregelen die reeds in veel beheerplannen voorzien zijn voor domeinen in eigendom van het ANB of de erkende terreinbeherende verenigingen. Bij andere openbare besturen en privébossen in het VEN (of op vrijwillige basis) kan door het toepassen van de Criteria Duurzaam Bosbeheer (CDB) de kwaliteit eveneens verbeterd worden . [ *]
Bij de heide-, grasland- en moerasvegetaties gaat het vaak om een combinatie van inleidende herstelmaatregelen en een aangepast regulier beheer, afgestemd op het realiseren van de beoogde habitatkwantiteit en -kwaliteit (zie ook verdere prioritaire inspanningen).
Het niet behalen van een minimale aaneengesloten oppervlakte van het habitattype (minimum structuur areaal) is voor vele habitattypes een blijvend knelpunt in dit sterk versnipperde SBZ (zie ook verdere prioritaire inspanningen).
[*] Naast diverse criteria die zullen bijdragen tot een kwaliteitsverbetering van de aanwezige habitats, is er ook een criterium dat de omvormingen stimuleert (zie verdere prioritaire inspanningen): “Ten minste 20% van de totale oppervlakte van het bos moet bestaan uit of in omvorming zijn naar gemengde bestanden op basis van inheemse en standplaatsgeschikte boomsoorten binnen een bosbouwtechnisch verantwoorde termijn.