Een verdere algemene verbetering van de waterkwaliteit in andere deelgebieden is noodzakelijk voor de meeste habitats en soorten in de valleien. Dit gebeurt door de combinatie van volgende inspanningen: optimalisatie van de waterzuiveringsinfrastructuur; vermindering van ongezuiverde lozingen in oppervlaktewater; aanleg van gescheiden rioleringstelsels; vermindering van bemesting in infiltratiegebieden en kwelzones, o.a. in het kader van het nieuwe MAP. In het bijzonder Grote modderkruiper, van nature eutrofe meren en Kamsalamander kunnen hiervan profiteren. Hierin ligt een belangrijke opdracht aan de bekkenstructuren om in kader van integraal waterbeleid extra aandacht te hebben voor deze elementen, mede in het licht van de instandhoudingsdoelstellingen.