Overstromingen met (vuil) oppervlaktewater vormen een bedreiging voor kwetsbare habitattypes. Zo bedreigt het verontreinigde oppervlaktewater van de Keibeek de zeldzame habitattypen in het Torfbroek (deelgebied 3), de slechte waterkwaliteit van de Lei- en Barebeek bedreigt moerasbossen in Floordam-, Snijssels- en Hellebos (deelgebied 1-2), de matige tot slechte waterkwaliteit van de Molen- en Weesbeek bedreigen kwetsbare vegetaties in Silsombos en de Molenbeekvallei (deelgebieden 5) en de matige waterkwaliteit van de Lipsebeek bedreigt de bossen van Kastanjebos (deelgebied 4).De waterkwaliteit van deze beken dient prioritair verbeterd te worden. Plaatselijke en periodieke ruimingen kunnen bovendien overstromingen ter hoogte van kwetsbare vegetaties voorkomen.