Een andere essentiële prioriteit voor het beekddallandschap is een goede waterkwaliteit. Een verdere verbetering van de kwaliteit van grond- en oppervlaktewater is noodzakelijk voor de meeste habitats en soorten in de valleien. Dit gebeurt door de combinatie van volgende inspanningen: het optimaliseren van de waterzuiveringsinfrastructuur, het verminderen van de lozingen in oppervlaktewater en het vermijden van inspoeling van vervuild en/of nutriëntenrijk water in de waterlopen en grondwater. Dit ondermeer in functie van het kunnen realiseren van een een goede staat van instandhouding van waterhabitats van beken en rivieren, de beekbegeleidende habitats (Elzenbroekbossen, Moerasspirearuigtes en venige vegetaties) en de hieraan gebonden soorten zoals Vleermuizen en Beekprik. Een belangrijke parameter is het minimaal behoud van een goede BBI van de Bosbeek zelf. De oppervlaktewaterkwaliteitsnormen die nu vaak niet gehaald worden zijn: NH4+, NO2-, Fe O, Ptotaal , de temperatuur, het zuurstofgehalte en de pH.

Voor een goede staat van instandhouding van Beekprik dient er gewerkt te worden aan het opheffen van vismigratieknelpunten.

Om tot concrete oplossingen te komen moet samengewerkt worden met de waterbeheerders VMM, Aquafin, provincie, de gemeenten, private eigenaars en ANB gezocht moeten worden.