Om de doelstellingen voor diadrome vissoorten als fint en rivierprik en de zoogdieren bever en otter te realiseren moeten migratieknelpunten tussen het estuarium en haar bovenlopen opgelost worden. Stuwen- en sluizencomplexen dienen zodanig aangepast te worden dat ze geen migratiebarrière meer vormen tussen het estuarium en de bovenloop. Bekende knelpunten zijn de sluizen en stuw op de Dijle in Mechelen en de sluis op de Schelde in Merelbeke. Het actuele beleid voorziet een oplossing voor deze vismigratieknelpunten tegen 2015 (Beneluxbeschikking M(2009)01, palingbeheerplan). Momenteel wordt een aangepast stuwbeheer uitgetest in Mechelen en een vistrap gepland aan Merelbeke. Knelpunten voor laterale migratie tussen de GOG-GGG’s en wetlands (in algemene termen de vallei) enerzijds en het estuarium anderzijds moeten in de mate van het mogelijke worden opgelost. In- en uitwateringsconstructies van waterlopen en grachten naar de Schelde dienen zo ontworpen te worden dat vismigratie elke tijcyclus op zijn minst tijdelijk mogelijk is in elk natuurontwikkelingsgebied van het Sigmaplan. Hierdoor kunnen de kreken en plassen in de GOG-GGG’s en de waterlopen in de polders gebruikt worden als paai-, opgroei- en foerageerhabitat voor vissoorten en kan via de Schelde uitwisseling optreden tussen populaties. In de deelgebieden van de vallei van de Grote Nete waar het inrichtingsplan winterbedding voorziet kunnen, indien dit geen negatieve effecten veroorzaakt voor het naburige landgebruik, terugslagkleppen op zijlopen worden verwijderd zodat ze terug vrij in de rivier uitmonden in geen barrière meer vormen.