De Grote Nete en haar vallei vormen ontegensprekelijk de ruggengraat van dit habitatrichtlijngebied. Het valleilandschap is dan ook een cruciale biotoopcluster in dit gebied als verbindingselement met de andere biotoopclusters. Het valleilandschap omvat de volgende Europees te beschermen habitattypes en soorten

• traagstromende laaglandbeken met zuurstofrijk water en een goed ontwikkelde waterplantengemeenschap (3260)
• alluviale bossen (91E0)
• voedselrijke alluviale ruigtes (6430_hf)
• overgangs- en trilveen (7140_meso)
• laaggelegen schrale hooilanden (6510)
• van nature voedselrijke plassen (3150)
• beekprik
• kleine modderkruiper
• rivierdonderpad
• bittervoorn
• kamsalamander
• vleermuizen die vochtige graslanden en open waterpartijen als foerageergebied verkiezen: meervleermuis, ruige en kleine dwergvleermuis en rosse vleermuis.

Daarnaast komen in dit landschap verschillende regionaal belangrijke biotopen voor met als voornaamste dotterbloemgraslanden, rietlanden, moerasspirearuigtes met graslandkenmerken en wilgenstruwelen.

De vallei van de Grote Nete is nog grotendeels onbebouwd. Intensieve landbouw onder de vorm van akkerbouw en voedergewassen (intensief grasland niet inbegrepen) is in de meeste deelgebieden beperkt tot een aantal percelen met uitzondering van deelgebied 1 en het uiterste oosten van deelgebied 4. De rivier heeft een naar Vlaamse normen goede tot zeer goede water- en structuurkwaliteit. Verschillende trajecten van de Grote Nete en haar zijbeken binnen dit gebied zijn momenteel reeds habitatwaardig waardoor het volgens de G-IHD essentieel is in Vlaanderen voor habitattype 3260. Het bovenlopenstelsel van de Grote Nete is verder zeer belangrijk voor beekprik (grootste populatie in Vlaanderen) en wordt vermoedelijk vanuit de Kleine Nete gekoloniseerd door kleine modderkruiper en rivierdonderpad. Andere in Vlaanderen zeldzame vissoorten, zoals kopvoorn, serpeling en kwabaal, werden de afgelopen jaren met succes in deze waterlopen geherintroduceerd. Verspreid in de vallei komt een aanzienlijke oppervlakte elzenbroekbossen (habitattype 91E0) en alluviale ruigtes (habitattype 6430_hf) voor. Hier en daar zijn er nog relicten van mesofiele hooilanden aanwezig en in de natte depressies hebben zich waardevolle mesotrofe overgangs- en trilvenen (habitattype 7140_meso) ontwikkeld. Voor al deze habitattypes is het gebied zeer belangrijk in Vlaanderen (cfr. G-IHD).

Stroomafwaarts het Albertkanaal werd de Grote Nete vroeger sterk uitgediept en vanaf Meerhout werd de rivier ingedijkt waardoor het contact met de vallei grotendeels verloren ging. Samen met deze ingrepen veroorzaken ontwateringsgrachten en sterke grondwateronttrekkingen op verschillende plaatsen een verdroging van de vallei. Deze verdroging uit zich o.m. in de verruiging van elzenbroekbossen en de vergrassing van alluviale ruigtes. Door gebrek aan (aangepast) beheer is de oppervlakte en de kwaliteit van de open beekdalhabitats (alluviale ruigtes, mesofiele hooilanden, overgangs- en trilvenen, …) sterk achteruit gegaan en worden de resterende relicten bedreigd door verbossing, verruiging en vergrassing. De uitbreiding van de vispopulaties wordt belemmerd door lokale knelpunten inzake water(bodem)kwaliteit en de aanwezigheid van verscheidene vismigratieknelpunten.

Inspelend op de bijzonder hoge ecologische waarde wordt een verdere versterking van de natuur in de bovenloop van de Grote Nete en haar vallei tot doel gesteld. De verdere verbetering van de waterkwaliteit en de beekstructuur zal leiden tot een toename van habitattype 3260 in het bovenlopenstelsel van de Grote Nete. De natuurlijke hydrologie van de vallei wordt hersteld. De vallei behoudt haar halfopen karakter met een afwisseling van elzenbroekbossen, wilgenstruwelen, alluviale ruigtes (habitat of rbb), mesofiele hooilanden, dotterbloemgraslanden, mesotrofe overgangs- en trilvenen, voedselrijke plassen en rietmoerassen. Het aandeel van de habitatwaardige vegetaties in de vallei zal sterk toenemen door spontane successie, omvorming en/of aangepast beheer. De resterende vismigratieknelpunten worden weggewerkt. Bovenstaande doelstellingen zullen eveneens resulteren in een toename van de populaties beekprik, kleine modderkruiper, rivierdonderpad en bittervoorn. Daarnaast zullen o.m. de volgende soorten profiteren van deze doelstellingen blauwborst, ijsvogel, sprinkhaanzanger, grote karekiet, rietgors, snor, … kwabaal, kopvoorn, serpeling, grote modderkruiper, snoek, … moerassprinkhaan, zompsprinkhaan, kustsprinkhaan, gevlekte witsnuitlibel, bandheidelibel, Kempense heidelibel, gewone bronlibel, beekoeverlibel, kleine ijsvogelvlinder, Spaanse vlag, …