In het winterbed van de rivier zijn verschillende hydrologische zones te onderscheiden van lage naar hoge weerd tot hoogwatervrije zones. Omwille van de morfodynamiek in het winterbed komen er verschillende habitattypen tot ontwikkeling afhankelijk van de plaats, de tijd en het gevoerde beheer.

Het habitattype 6120 kalkminnend grasland op droge zandbodem is een pioniersvegetatie gekoppeld aan de dynamische milieus waar zand en grindafzettingen plaatsvinden. Het voorkomen van het habitattype is sterk gebonden aan de rivierdynamiek en de afzettingen ter plaatse . Het is bij uitstek een habitattype van het ongestuwde deel van de rivier (ten zuiden van Maaseik); gezien de dynamiek van het habitattype kunnen een aantal locaties van het voorkomen van het habitattype niet weergegeven worden. Deze variëren deels in tijd en ruimte (afhankelijk van waar en wanneer piekdebieten door de rivier komen en materiaal afzetten). Vaak komt dit habitattype voor in complex met een ander graslandtype, met name 6510, laaggelegen schrale hooilanden.

Landschappelijk kan het rivierbed in verschillende deelgebieden ingedeeld worden. Enerzijds zijn er de oude grindwinningsgebieden of nieuwe natuurontwikkelingslocaties, Hochter Bampd, Negenoord-Kerkeweerd, Bichterweerd, Maaswinkel, Maasbeemdergreend, Kollegreend. Deelgebieden 13, 12, deels 8 zijn rivierkundig heringericht zijn door nv De Scheepvaart ten behoeve van rivierveiligheid en natuurontwikkeling. In deze natuurontwikkelingsgebieden komen verschillende habitattypen in complex voor, mede dankzij de rivierdynamiek. Het betreft de wilgenvloedbossen, hardhoutooibossen, de voedselrijke zoomvormende ruigten, de laaggelegen schrale hooilanden en het kalkminnend grasland op dorre zandbodems. Aan de randen van oude grindplassen komen elementen van het habitattype 3270 voor. Afhankelijk van de rivierdynamiek en de beheerintensiteit kunnen de oppervlakten van de habitattypen binnen deze zones verschuiven en variëren.

De potenties voor bosontwikkeling van het type wilgenvloedbos en hardhoutooibos zijn hoog. Grotendeels liggen deze potenties echter buiten de SBZ. Voor de bossen is er in totaal zo’n toename voorzien van 80 ha voor het subtype zachthoutooibossen van 91E0 en hardhoutooibossen 91F0 die typisch zijn voor de Maas en tevens als leefgebied kan fungeren voor bever. Voor het eiken-haagbeukenbos is ondanks de kleine actuele oppervlakte geen uitbreiding in de doelstelling opgenomen, mede gezien de ligging van dit habitattype in een open landschap met schrale graslanden (6510). Het mesotrofe broekbos in het Vijverbroek kan nog toenemen met 40 ha door omvorming. Hier sluit de kwaliteitsverbetering van 3 ha trilveen (7140) en de noodzakelijke kleine uitbreiding door afgraven van opgehoogde deel van dit trilveen.

Voor de oevergebonden habitats als 3270 langs oevers van plassen wordt ook uitbreiding voorzien van in totaal 5 ha door omvorming. Deze plassen en oude Maasmeanders behoren tot het habitattype van de eutrofe meren; een beperkte oppervlakte uitbreiding van 1 ha 3150 is opgenomen In de meer dynamische milieus komt op verschillende plaatsen in de deelgebieden het habitattype 6120 (kalkminnend grasland op dorre zandbodem) tot ontwikkeling. Het habitattype is gebonden aan de rivierdynamiek en het exacte voorkomen ervan is moeilijk te voorspellen. Een toename van 35 ha door omvorming, mede dankzij de uitgevoerde rivieringrepen is te verwachten.

Binnen de SBZ zijn enkele kleine fragmenten van het habitat 3260 aanwezig in de zijbeken ( Zanderbeek, Itterbeek). Daarnaast wordt de Maasvallei gekenmerkt door een open landschap, traditioneel in hooiland of graslandbeheer (Heppeneert, Elerweerd, deelgebieden 3 en 4). Veel bloemrijke graslanden zijn in de vallei echter omgezet naar akker en laagstamboomgaarden. De doelen worden hier grotendeels bepaald door de oppervlakte behoevende soorten zoals kwartelkoning. Hiervoor zijn in totaal 97 ha extra soortenrijke bloemrijke graslanden nodig, waarvan 44 ha van het habitattype 6510 9 ha 6430 en 44 ha RBB en dit door effectieve uitbreiding. Voor kwartelkoning worden deze graslanden best ontwikkeld in grote samenhangende oppervlakten, zoals in Heppeneert, Elerweerd en Bichterweerd (deelgebieden 3,4 en 12). Een toename tot 8 broedparen wordt vooropgesteld, waarbij het behoud van 1 broedpaar in deelgebied 11.

In het deelgebied 8 en 9 (Maaswinkel en Leut) worden eveneens de potenties voor 6510 ontwikkeld, aansluitend bij de reeds goed ontwikkelde graslanden (DG 8 : 21 ha + DG 9 34 ha toename). Naast 5 ha verbetering van het leefgebied voor boomkikker, profiteren hier ook kamsalamander en poelkikker van. Voor de kleine modderkruiper is behoud vooropgesteld in de actuele lokaties (deelgebieden 7, 8 en 11).

Grauwe klauwier komt actueel voor met 0-1 broedpaar in de Maasvallei. Doordat de soort mee profiteert van de maatregelen voor oppervlaktetoename en kwaliteitsverbetering van 6510,6120, 6430 en de doelen voor boomkikker is een toename tot 3-4 broedparen te verwachten. Gezien de zeer beperkte populatie worden alle gebieden waar de soort recent voorkomt als essentieel beschouwd (G-IHD). De gebieden Leut, Maaswinkel en Kerkeweerd zijn de meest potentiële gebieden voor de grauwe klauwier en liggen allen binnen SBZ. Geschikt leefgebied voor een koppel bestaat uit complex van min 5 - 10 ha geschikt leefgebied met onder meer glanshaverhooilanden (6510-hu), 6430, bloemrijke hooilanden, extensief begraasde vegetaties en/of verruigde kruiden- en insectenrijke percelen. Het leefgebied van grauwe klauwier heeft een ruim en gevarieerd aanbod aan grotere insecten, bloemrijke percelen, voldoende rustige uitkijkposten en broedgelegenheid (doornig struweel van braam, meidoorn of sleedoorn).

Visdief is een soort die actueel met 4-6 broedparen in de deelgebieden 12,11 en 8. De maatregelen voor 6230, 3270 en 3510 dragen bij tot behoud van het leefgebied van de soort. Wegens het behoud van het areaal (G-IHD) van deze soort in Vlaanderen vervult de populatie langs de Maas een belangrijke functie. Deze sluit aan bij de broedparen aan de Nederlandse zijde (sterneneiland in Stevensweert).

Binnen het rivierlandschap van de Maas zijn er soorten, die voor hun habitat gebonden zijn aan zowel de rivier (buiten SBZ) als het winterbed (Binnen SBZ). Het zijn de soorten bever, otter, bittervoorn, rivierrombout en rivierdonderpad.

• Voor bever is minimaal behoud van het huidig aantal exemplaren opgenomen. De bever profiteert mee van de uitbreiding van de bosoppervlakte in het winterbed.
• Voor de soort otter, die momenteel waarschijnlijk niet meer voorkomt, is de Maas een verbindingsgebied tussen de Waalse en Nederlandse kernpopulaties met het oog op areaaluitbreiding, via verbetering van de kwaliteit van het leefgebied.
• Voor bittervoorn is behoud van de actuele populaties opgenomen.
• Voor rivierrombout is het einddoel de ontwikkeling van een metapopulatie verspreid over de deelgebieden 3, 4, 8, 9, 12 en 13. Actueel worden er regelmatig verschillende imago’s vastgesteld.
• Voor de rivierdonderpad is een verbetering leefgebied tot doel gesteld.

Voor de riviergebonden habitattypen en soorten wordt over de volledige loop van de Grensmaas een lokaal goede staat van instandhouding nagestreefd. Dit impliceert herstel van een dynamisch riviersysteem met:

• natuurlijke stromings- en waterpeildynamiek
• natuurlijke erosie-sedimentatiedynamiek
• natuurlijk afvoerregime
• voldoende brede bedding met sedimentaanbod en gevarieerde substraatsamenstelling
• voldoen aan de richtwaarden voor oppervlaktewaterkwaliteit ‘zeer grote rivier (7°)’ conform Besluit van de Vlaamse regering dd. 21 mei 2010 voor wat betreft de milieukwaliteitsnormen voor oppervlaktewateren, waterbodems en grondwater: grenswaarde zeer goede en goede ecologische toestand
• grens voor opgeloste zuurstof tussen goed en zeer goed van de milieukwaliteitsnorm voor oppervlaktewater in functie van de vissoorten