De tot doel gestelde realisatie van een aaneensluitend netwerk van habitatwaardige beektrajecten vereist een aangepast waterbeheer. Op de beken waarin kleine modderkruiper en/of rivierdonderpad voorkomen, worden de resterende vismigratieknelpunten weggewerkt volgens de opgemaakte prioritering en worden ruimingen zoveel mogelijk vermeden. Op plaatsen waar de natuurlijke overstromingsdynamiek wordt hersteld, ontstaan, naast de voedselarme grondwatergevoede valleibiotopen, voedselrijkere overstromingsbiotopen en paaiplaatsen.Dit aangepast waterbeheer is een gezamenlijke verantwoordelijkheid van:1. de provincie Antwerpen die alle beektrajecten die door de SBZ stromen beheert2. de gemeenten die de opwaartse trajecten van deze beken beheren3. het Vlaams Gewest (Vlaamse Milieumaatschappij en Waterwegen en Zeekanaal) dat de grotere waterlopen beheert waarin de beken uitmonden (Aa, Kleine Nete) en van waaruit de versterking van de bestaande populaties en de vestiging van nieuwe populaties van kleine modderkruiper en rivierdonderpad kan gebeuren.Op basis van de ontsnipperingsstudie voor de E34/E313 heeft de Administratie Wegen en Verkeer de intentie om ter hoogte van belangrijke waterlopen ecoduikers te voorzien. De faunaverbinding via de Tappelbeek is opgenomen in het natuurinrichtingsproject Zoerselbos.