Het valleilandschap is belangrijk voor een aantal Europese te beschermen soorten en habitattypes:

• grasland- en moerashabitats: 6430, 6510
• zeldzame habitats afhankelijk van kalkrijk grondwater: 6410, 7220, 7230
• boshabitat: 91E0
• vijverhabitat: 3150
• vissen: Beekprik, Rivierdonderpad en Bittervoorn
• amfibieën: Kamsalamander, Vroedmeesterpad
• Zeggekorfslak voorkomend in grote zeggenvegetaties
• verschillende soorten vleermuizen

In de beekvalleien is het ontwikkelen van een mix van habitats met gradiëntrijke overgangen een belangrijke doelstelling. De afwisseling van verschillende waardevolle biotopen maakt het valleilandschap als geheel zeer sterk. Het gaat om volgende biotopen: valleibossen, bronnen, natte ruigten, vijvers, glanshaverhooilanden, grote zeggenvegetaties (in functie van. Zeggekorfslak). Er is ook een belangrijk aandeel van Regionaal Belangrijke Biotopen aanwezig: dottergraslanden en kamgraslanden,…. Enkele landschapsecologische principes worden toegepast bij het bepalen van de natuurdoelen:

• Boskernen (valleibos 91E0) uitbreiden tot een minimale oppervlakte van 10 ha en het maken van ecologisch noodzakelijke verbindingen tussen de bestaande habitatvlekken
• Ontwikkelen van geleidelijke overgangen (habitat 6430) tussen valleibossen en moeraskernen De inrichting van de grenszone (richtcijfer 25 m) tussen het alluviaal valleigebied en de omliggende akkers of weilanden is cruciaal voor buffering van de habitats gelegen in de vallei. Deze overgangszones kunnen ingericht worden door KLE’s, kleine bosgordels (habitat 9130 en 91E0) en ruigten.
• Ontwikkelen van voldoende grote moeraskernen van 30 ha of meer (natte graslanden, natte ruigten, riet en grote zeggenvegetaties) in de natste zones van de vallei , zodat deze kernen leefbare populaties bevatten van oppervlaktebehoevende faunasoorten (o.a. Sprinkhaanzanger, blauwborst, Rietgors,…)
• Herstel van volledige gradiënten met kleinschalige afwisseling van nat naar droog en van kalkrijk naar kalkarm
• Herstel van samenhang van bron, via beek naar rivier

Naast een herstel van de natuurlijke waterhuishouding en de verbetering van de grond- en oppervlaktewaterkwaliteit, is er een toename nodig van natte graslanden en ruigtes van in totaal 45 ha. Deze habitats zijn ook van belang voor Zeggekorfslak en als foerageergebied voor Wespendief. Waterlopen in de valleien van dit gebied zijn belangrijk voor enkele Europees te beschermen soorten. De belangrijkste doelstellingen zijn de verbetering van de kwaliteit van het leefgebied voor soorten als Beekprik, Rivierdonderpad en Bittervoorn onder de vorm van een verbetering van de oppervlaktewaterkwaliteit en de verbetering van de structuurvariatie van de waterlopen. Het behoud en de optimalisatie van een kleinschalig valleilandschap is een belangrijke doelstelling in deze SBZ. Dit kan gerealiseerd worden door:

• Versterken van het netwerk KLE’s in functie van Sleedoornpage, Geelgors, Zomertortel, Spotvogel
• Uitwerken van een kwalitatief netwerk van KLE’s: netwerk bestaande uit een voldoende aantal haagbomen (combinatie van hoog opgaande bomen met hagen of struwelen) en bloemrijk grasland
• Behoud van hoogstamboomgaarden

Wanneer voor bepaalde habitats of soorten specifieke oppervlakte- en kwaliteitsdoelen vereist zijn, zullen deze in het Landschap 'Valleilandschap van de bronbeken en de grote valleien' specifiek vermeld worden.