De valleien van de talrijke beken die het gebied doorkruisen, vormen een aparte landschapsecologische eenheid. Vaak worden ze gekenmerkt door kalk- en ijzerrijke kwel waardoor ze abiotisch sterk contrasteren met de andere delen van het gebied en specifieke habitats en soorten herbergen. Het open beekdallandschap omvat volgende habitattypes en soorten: van nature voedselrijke plassen (3150) en circum-neutraal mineraalrijk overgangsveen (7140_meso) ; traag stromende laaglandbeken met helder, zuurstofrijk water en een goed ontwikkelde waterplantengemeenschap (3260); vochtig heischraal grasland (6230_hmo); beekbegeleidende schraalgraslanden (6410); voedselrijke alluviale ruigtes van het Moerasspireaverbond (6430_hf); glanshaverhooiland (6510_hu); dotterbloemgraslanden (rbbhc); kleine en grote zeggenvegetaties (rbbms en rbbmc); moerasspirearuigtes met graslandkenmerken (rbbhf); geel schorpioenmos; kleine modderkruiper en rivierdonderpad; vleermuizen die open water en moerassen als jachtgebied prefereren. In het beekdallandschap komen ook alluviale bossen voor, maar deze worden besproken bij het boslandschap.

Realisatie van een aaneensluitend netwerk van habitatwaardige beektrajecten met gezonde populaties van rivierdonderpad en kleine modderkruiper:
habitatwaardige beektrajecten met helder, zuurstofrijk water en een goed ontwikkelde waterplantengemeenschap (habitattype 3260) komen momenteel nog maar zeer sporadisch voor in dit gebied. In verscheidene beken komen kleine modderkruiper en/of rivierdonderpad voor, maar uit de schaarse monitoringgevens blijkt dat de populaties van deze Europees beschermde vissoorten sterk onder druk staan. Beide knelpunten hebben dezelfde oorzaken: ongezuiverde (huishoudelijke) lozingen, te frequent werkende overstorten, te diepe en te frequente beekruimingen en de aanwezigheid van migratieknelpunten. Ook de beekmorfologie laat vaak te wensen over met steile oevers, hoge oeverwallen door ophoping van (nutriëntenrijk) slib, en een egale beekbodem met weinig sedimentvariatie. Wanneer de waterkwaliteit verbetert, zijn er grote potenties voor de ontwikkeling van habitattype 3260 aangezien de beken in het gebied meestal een goede structuurkwaliteit hebben. Een verdere verbetering van de waterkwaliteit is zeker te verwachten aangezien het Decreet Integraal Waterbeleid bepaalt dat alle Vlaamse waterlichamen uiterlijk tegen 2021 een goede toestand dienen te bereiken. Voor het speerpuntgebied Molenbeek-Bollaaak dient dit reeds tegen 2015 het geval te zijn. Daarom wordt in samenhang met het benedenstrooms gelegen habitatrichtlijngebied “Valleigebied van de Kleine Nete met brongebieden, moerassen en heide” (BE2100026) de realisatie van een aaneensluitend netwerk van habitatwaardige beektrajecten zonder migratieknelpunten en met een aangepast beheer als doelstelling naar voor geschoven. Dit netwerk moet de ontwikkeling van gezonde populaties rivierdonderpad en kleine modderkruiper mogelijk maken. De herinrichting van verlaten visvijvers in de valleien van de Visbeek en de Grote Kaliebeek zal veel kansen geven voor de ontwikkeling van van nature voedselrijke plassen (3150) en de hiermee samen voorkomende verlandingsvegetaties (7140_meso).

Realisatie van een voldoende grote aaneengesloten oppervlakte beekbegeleidende graslanden en ruigtes in de valleien van de Tappelbeek en de Visbeek:
dit gebied is in Vlaanderen essentieel voor beekbegeleidende schraalgraslanden (6410), omdat er nog een vallei is waar het zeldzame subtype blauwgrasland (6410_mo) voorkomt, en voor geel schorpioenmos dat in dit blauwgrasland haar enige groeiplaats in Vlaanderen heeft. Verspreid in de beekdalen komen ook veldrusgraslanden (6410_ve), voedselrijke alluviale ruigtes (6430_hf) en relicten van glanshaverhooilanden (6510_hu) voor. Vele van deze waardevolle vochtige graslanden zijn verruigd en verbost of helemaal verdwenen door verdroging, eutrofiëring en gebrek aan beheer. In dit gebied zijn er echter veel potenties voor deze graslanden. Langs de Tappelbeek in het Zoerselbos en in de Visbeekvallei wordt een voldoende grote aaneengesloten oppervlakte (telkens ca. 30 ha) van beekbegeleidende graslanden en ruigtes tot doel gesteld. In beide gevallen zal het gaan om een mozaïek van Europees beschermde habitattypes (veldrusgraslanden en glanshaverhooilanden) enerzijds en regionaal belangrijke biotopen (dotterbloemgraslanden, grote en kleine zeggenvegetaties, moerasspirearuigtes met graslandkenmerken) anderzijds. In het Zoerselbos zal dit gebeuren in het kader van het natuurinrichtingsproject door het herstel van een oud vloeibeemdencomplex waarin nog typische soorten (Graslathyrus, Beemdlangbloem, …) voorkomen, en in de Visbeekvallei in het kader van het LIFE-project. Ook in de vallei van het Groot Schijn wordt gestreefd naar een oppervlakte-uitbreiding van veldrus- en blauwgraslanden (6410) en vochtig heischraal grasland (6230_hmo). De graslanden van het Vrieselhof en de Rundvoort behoren immers tot de best ontwikkelde en soortenrijkste van het hele habitatrichtlijngebied, maar zijn nu nog te gefragmenteerd.

Herstel van de lokale hydrologie en van een aangepast graslandbeheer in de beekvalleien:
op verschillende plaatsen (Zalfenbos in Malle, vallei van de Rode Loop, …) wordt de natuurlijke grondwaterkwel in de beekvalleien weggevangen door drainagegrachten of grondwaterwinningen of wordt het grondwater in de infiltratiegebieden aangerijkt door meststoffen. Hierdoor verdrogen of verruigen de kwelafhankelijke habitats en worden ze niet meer gebufferd tegen verzuring. Herstel van de natuurlijke hydrologie is een essentiële randvoorwaarde voor het bereiken van de instandhoudingsdoelstellingen voor deze habitats. Voor het behoud van deze habitats is ook een aangepast extensief graslandbeheer noodzakelijk. Mee sturend voor de tot doel gestelde kwaliteitsverbetering van de stilstaande wateren en beekvalleien in het gebied zijn de habitatvereisten van de diverse soorten aan vochtige tot natte ecotopen gebonden vleermuizen (watervleermuis, meervleermuis, rosse vleermuis en ruige dwergvleermuis) die in het gebied voorkomen. Deze soorten verkiezen ofwel open waterpartijen met een goede waterkwaliteit, een natuurlijke visstand in evenwicht met de draagkracht van de plas, en natuurlijke oevers begroeid met oevervegetatie ofwel open beekvalleien met een mozaïek van vochtige graslanden, ruigtes enz.