De voorkomende habitattypes worden opgesplitst in twee grote landschapstypes: het estuarium en de terrestrische wetlands.

Estuarium

De Habitatrichtlijn onderscheidt meerdere habitattypes binnen estuaria waarvan de volgende in het Belgisch deel van het Schelde-estuarium voorkomen:[1]

• habitattype 1130: Estuaria.
• habitattype 1310: Eenjarige pioniersvegetaties van slik- en zandgebieden met Salicornia spp. en andere zoutminnende soorten
• habitattype 1320: Schorren met slijkgrasvegetatie (Spartinion maritimae)
• habitattype 1330: Atlantische schorren (Glauco-Puccinellietalia maritmae)
• habitattype 3270: Rivieren met slikoevers met vegetaties behorend tot het Chenopodietum rubri p.p. en Bidention p.p
• habitattype 6430: Voedselrijke zoomvormende ruigten van het laagland, en van de montane en alpiene zones, subtype verbond van harig wilgenroosje.
• habitattype 91E0: Bossen op alluviale grond met Alnus glutinosa en Fraxinus excelsior (Alno-Padion, Alnion incanae,Salicion albae), subtype zachthoutooibos.

De totale oppervlakte van deze habitattypes binnen de SBZ’s bedraagt momenteel ca. 4680 ha [2], waarvan ca.3460 ha water (vaargeul), 640 ha schor en 530 ha slik. In de brakke zone komen op het schor pioniervegetaties van de habitattypes 1310 en 1320 voor op een zeer beperkte oppervlakte (resp. 0.6 en 0.1 ha). Het habitattype 1330 ‘Atlantische schorren’ is iets algemener (48.9 ha); hieronder vallen de brakke schorvegetaties gedomineerd door zeebies en strandkweek en de zilte graslanden. De climaxvegetatie in brakwaterschorren, rietland, valt niet onder dit type. Habitattype 3270 is typisch voor de zoete zone, het zou een oppervlakte bedekken van 1.7 ha maar is door zijn zoomvormige voorkomen zeer moeilijk kwantificeerbaar. Een deel van de ruigtevegetaties op de zoete schorren wordt tot habitattype 6430 gerekend (39 ha), het betreft het subtype ‘verbond vanharig wilgenroosje’. De wilgenbossen en -struwelen op de zoete schorren worden tot het habitattype 91E0 gerekend, meer bepaald het subtype zachthoutooibos of wilgenvloedbos. Ze nemen meer dan een derde van de totale schoroppervlakte in (250 ha). De subtidale habitattypes worden in de habitatrichtlijn niet specifiek benoemd. Ook de slikken en zandplaten in het brakke en zoete deel van het estuarium, en een deel van de zoete schorvegetaties (riet, ruigten(zonder harig wilgenroosje) en pioniersvegetaties met biezen) en van de brakke schorvegetaties (climaxvegetatie van riet) worden niet als specifiek habitattype benoemd. Deze vegetatietypes vallen wel onder het op landschapsniveau gedefinieerde habitattype 1130 ‘Estuaria’.
De SBZ Schelde- en Durme-estuarium van de Nederlandse grens tot Gent is essentieel voor de instandhouding van habitattypes 1130, 1330, 6430 (subtype‘verbond van harig wilgenroosje’) en 91E0 (subtype zachthoutooibos) in Vlaanderen, zeer belangrijk voor habitattypes 1320 en 3270 en belangrijk voor habitattype 1310.

Estuaria zijn verbrede riviermondingen waarlangs getijden binnendringen en waar zoet en zout water zich mengen. Het getij dringt op de Schelde door tot aan de sluizen in Gent (Merelbeke), maar ook op de zijrivieren Rupel, Nete, Kleine Nete (tot Grobbendonk), Grote Nete (tot Ittegem), Dijle (tot Mechelen),Zenne (tot Zemst) en de Durme (tot Lokeren). Estuaria zijn uitgesproken gradiëntmilieus. Het Schelde-estuarium wordt gekenmerkt door een ononderbroken zoet-zoutgradiënt, met zoet water tussen Gent en Temse en op de zijrivieren, licht brak water tussen Temse en Antwerpen en op de Rupel en brak water tussen Antwerpen en de grens. De zoutwaterzone bevindt zich verder stroomafwaarts op de Westerschelde. Het zoutgehalte van het water schommelt met het getij, de weersomstandigheden en de seizoenen. Het zoutgehalte en haar schommelingen zijn zeer bepalend voor het voorkomen van habitattypes en soorten in hetestuarium. Naaste deze zoet-zoutovergang, zijn ook de overgangen tussen diep en ondiep water en intertidaal gebied zeer belangrijk. In het estuarium onderscheiden we het pelagiaal, het slik en het schor. Het pelagiaal of het subtidale gebied staat steeds onder water zelfs bij extreem laag tij. Het intertidale gebied bestaat uit slik, de onbegroeide zone met slib of zand die bij laag water droog valt maar bij elk hoog tij overstroomt en schor, de begroeide zone van het intergetijdegebied die niet bij elk getij overstroomt.

Het voedselweb van het estuarium, een fundamenteel onderdeel van het ecosysteem, is zeer complex. Primaire productie door fytoplankton in het water, bodemalgen op het slik en hogere planten op de schorren vormt de basis van het voedselweb, samen met organisch materiaal aangevoerd via de bovenlopen. Zij dienen tot voedsel van zoöplankton, bodemdieren (benthos) en andere ongewervelden, vissen en op het schor grazende dieren zoals ganzen, schapen en koeien. Zoöplankton, bodemdieren en ongewervelden vallen op hun beurt ten prooi aan predatoren (vogels, vissen…). Het voedselweb is erg verschillend naargelang het zoutgehalte van het water. In zout water vormen fytoplankton en kiezelwieren de basis. In de brakke zone is detritus (in het water zwevende of bezonkenorganische deeltjes) zeer belangrijk. De afbraak van dit organisch materiaal gecombineerd met een beperkte primaire productie (zuurstofproductie) leidt soms tot lage zuurstofconcentraties. In het sterk vervuilde water van de zoete zone profiteerden vroeger bacteriën van de aangevoerde voedingsstoffen,waardoor het zuurstofverbruik erg hoog lag. Recent is de waterkwaliteit er verbeterd en zorgt primaire productie van fytoplankton voor hogere zuurstofconcentraties in het water maar ook voor mogelijke algenbloei.

Estuaria zijn van nature zeer dynamische systemen. De hydrodynamiek, als gevolg van afvoer en getij, veroorzaakt voortdurend geomorfologische veranderingen. Sedimentatie- en erosieprocessen wisselen elkaar af in ruimte en tijd. In een niet sediment gelimiteerd systeem zoals de Zeeschelde treedt lokaal sedimentatie op waardoor slikken en platen kunnen ontstaan en verder ophogen. Dit proces wordt sterk versneld als het slik gekoloniseerd wordt door pionierplanten. Verdere sedimentatie en begroeiing leiden op den duur tot het ontstaan van schorren die niet meer dagelijks overstromen. Op deze schorren doorloopt de vegetatie verschillende stadia en kan op termijn een climaxvegetatie ontstaan, rietlanden in het brakke en wilgenvloedbos in het zoete deel van het estuarium. Wijzigingen in de hydrodynamiek of geomorfologie van het riviersysteem of extreme events (stormen) kunnen leiden tot erosie van bestaande schorren waarna de schorontwikkeling opnieuw kan starten (Van De Koppel et al., 2005; Van Der Wal et al., 2008). Op de wijze ontstaat een dynamisch evenwicht waarin steeds alle successiestadia aanwezig zijn.

Menselijke ingrepen zoals inpolderingen, rechttrekkingen en verruiming van de vaargeul hebben een ingrijpende impact op de hydro- en morfodynamische processen van het estuarium(Cox et al., 2003; Van Der Wal et al., 2008). Direct habitatverlies tussen 1850 en 1950 was in de eerste plaats te wijten aan rechttrekkingen en inpolderingen. Hierdoor nam de beschikbare ruimte voor estuariene processen af. Bovendien veroorzaakten infrastructuurwerken(strekdammen e.d.), verhoging van baggervolumes en zandwinningen, en morfologische veranderingen in de Westerschelde na 1950 een sterke toename van het vloedvolume en daarmee gepaard gaand een verhoging van de getijamplitude en de getijenergie. Het gemiddelde hoog water is de voorbije 150 jaar over het volledige estuarium gestegen met 1 tot 1.5 m . Door de hoge sedimentgehaltes in de Schelde hoogden de schorren mee op, waardoor de helling tussen geul en schor steiler werd. Dit veroorzaakt, in combinatie met een verhoogde getijenergie, erosie van schor, slik en ondiepe sublitorale zones en zorgt voor bijkomend habitatverlies en het ontstaan van schorkliffen (Van Braeckel et al., 2006).

Andere knelpunten die het estuarien ecosysteem negatief beïnvloeden zijn een periodiek te hoge zoetwaterafvoer, een slechte waterkwaliteit en een sterke lichtlimitatie. De hoge zoetwaterafvoer bij piekdebieten wordt veroorzaakt door het verhoogd aandeel van verharde oppervlakte en cultuurland in het stroomgebied en door structurele ingrepen in de waterlopen van het stroomgebied gericht op een snelle afvoer van water. De verhoogde toevoer van zoet water bij piekdebieten veroorzaakt het afsterven van weinig mobiele brakwater(benthos)soorten en het versneld uitspoelen van zoetwater planktongemeenschappen naar de brakke zone waar ze afsterven (Van den Bergh et al., 2003b). De waterkwaliteit van de Zeeschelde is de laatste jaren sterk verbeterd, maar ook nu nog is er nergens in het estuarium sprake van een goede chemische of ecologische toestand volgens de criteria van de Kaderrichtlijn Water (Anonymus, 2010).In de jaren ’70 en ’80 van vorige eeuw was de waterkwaliteit in de Zeeschelde erg slecht, zeker in het zoete deel. Zeer hoge organische belasting leidde tot zeer lage zuurstofconcentraties, waardoor de rivier zo goed als dood was. Bovendien bevatte het water in die tijd ook aanzienlijke hoeveelheden toxische stoffen (o.a. zware metalen, organische polluenten…). In de Westerschelde was de situatie iets beter door menging met properder en zuurstofrijker zeewater. Door inspanningen in de waterzuivering is de waterkwaliteit in het estuarium in de jaren ’90 verbeterd. Zowel de hoeveelheid toxische stoffen als de hoeveelheid voedingsstoffen namen sterk af en de zuurstofconcentratie nam toe (Soetaert et al., 2006). Toch stromen er nog steeds zeer veel voedingsstoffen naar het estuarium wat tot algenbloei leidt. Het verbeterde zuurstofklimaat leidt ook tot een terugkeer, een toename en verschuivingen in de soortensamenstelling van bodembewonende dieren. Als in de zoete zone van de Zeeschelde opnieuw een gezonde populatie zoöplankton tot ontwikkeling komt, kunnen deze diertjes de algenbloei mee onder controle houden. Als er zuurstof en plankton in de Schelde zit, zal ook het visbestand toenemen. Een ontwikkeling die nu al merkbaar is. De beperkte primaire productie in de periode van zware vervuiling zou verklaard kunnen worden door limitering van de algengroei door de zeer lage zuurstofgehalten of hoge ammoniumconcentraties (Cox et al., 2009), maar ook door een beperkte beschikbaarheid van licht in het troebele Scheldewater (Van den Bergh et al., 2003b).

De instandhoudingsdoelstellingen op systeemniveau (IHD-Z) zijn gericht op het oplossen van deze knelpunten. Een verbeterde waterkwaliteit (> 5 mg O₂l^-1 in zomer en > 6mg O₂l^-1 in winter) en meer ruimte voor het estuarium moet een robuust en duurzaam hydrodynamisch, geomorfologisch en ecologisch functioneren verzekeren. Aan de hand van de ecologische draagkracht van het slik voor ongewervelde bodemdieren (als voedsel voor vogels en vissen) werd berekend dat een bijkomende oppervlakte van 500 ha slik nodig is ten opzichte van de situatie in 2005(Adriaensen et al., 2005b; Van Damme et al., 2010). Daarnaast werd berekend dat, bij de toenmalige (2005) waterkwaliteit, een bijkomende oppervlakte schor van 1500 ha nodig is ten opzichte van de situatie in 2005 om te voorkomen dat de primaire productie in het estuarium gelimiteerd wordt door te lage siliciumgehalten (Adriaensen et al. 2005). Een tekort aan opgelost silicium in combinatie met een overschot aan voedingsstoffen veroorzaakt verschuivingen in fytoplanktongemeenschappen, het belang van kiezelwieren (die silicium nodig hebben) neemt af. Dit werkt algenbloei (van niet-kiezelwieren) in de hand. Schorren zijn in het zomerhalfjaar, op het moment dat het siliciumtekort optreedt, een belangrijke bron voor biologisch beschikbaar silicium in het estuarium (Struyf, 2005). Bij de bepaling van het maximaal ecologisch potentieel (MEP) voor habitatarealen voor de Kaderrichtlijn Water berekenden Brys et all. (2005) met een hydromorfologische benadering veel grotere oppervlakten slik en schor. De oppervlaktedoelstellingen van de IHD-Z voor slik en schor kunnen dus beschouwd worden als een absoluut minimum om een robuust en duurzaam functionerend estuarium te creëren (Adriaensen et al., 2005a). Deze oppervlaktedoelstellingen, met name de toename van het slikareaal met 500 ha en van het schorareaal met 1500 ha, werden in het Meest Wenselijke Alternatief(MWeA) van het Geactualiseerde Sigmaplan geografisch gealloceerd (Anonymus, 2005). Naast de noodzakelijke toename van de estuariene habitats is ook de aanleg van overstromingsgebieden langs de niet getijgebonden zijrivieren noodzakelijk om piekafvoer van zoet water op te vangen.

Op basis van een uitgebreid multidisciplinair onderzoek (met o.a. maatschappelijke kosten-batenanalyse, een landbouweffectrapport, een ecologische potentieanalyse) werden in het geactualiseerde Sigmaplan gebiedskeuzes gemaakt waarbij de veiligheidsfunctie (overstromingsgebieden) maximaal gecombineerd werd met de ecologische functie (estuariene natuur onder vorm van GOG-GGG’s [3]en ontpolderingen). De IHD-Z formuleert ook doelen voor soorten. Doelen voor gewone zeehond, otter, overwinterende en doortrekkende watervogels, vissen en rondbekken en een aantal broedvogels zijn in grote mate afhankelijk van de 5- en oppervlaktedoelstellingen op systeemniveau.

De subtidale habitattypes, inclusief de vaargeul, zijn essentieel als leefgebied voor de soorten fint en rivierprik en als foerageergebied voor de overwinterende vogelsoorten tafeleend en kuifeend. De slikken (en in mindere mate de schorren en het pelagiaal) zijn essentiële foerageergebieden voor de doortrekkende en overwinterende vogelsoorten kluut, pijlstaart, wintertaling, krakeend en bergeend. Het getijdegebied vormt voor zowel broedende als doortrekkende lepelaars een essentieel foerageergebied. Indien de waterkwaliteit en het visbestand van het estuarium een goede staat vertonen, zullen de wilgenvloedbossen (91E0) in het zoetwatergetijdegebied een essentieel deel vormen van het (potentieel) leefgebied voor kwak.

[1] De SBZ BE2300006 is ook aangemeld voor habitattype 1140 ‘Bij eb droogvallende slikwadden en zandplaten’. De slikken en platen in de Zeeschelde worden echter niet tot dit habitattype gerekend omdat ze niet rechtstreeks door zeewater worden beïnvloed. De slikken ressorteren wel onder habitattype 1130.

[2] Dit is de totale oppervlakte van het habitattype 1130 ‘Estuaria’ dat op landschapsniveau is gedefinieerd. Volgens de in de gIHD gehanteerdedefinitie van estuaria ressorteren de andere estuariene NATURA2000-habitattypen onder dit overkoepelend type.

[3] GGG: Gecontroleerde overstromingsgebieden met gecontroleerd gereduceerd getij.