Het behalen van de doelstellingen in de Vallei van de Drie Beken (deelgebieden 15 en 22) vergt een grondige sanering en herinrichting van het watersysteem in de vallei. In de schoot van het Bekkensecretariaat van het Demerbekken werd - in samenwerking met alle betrokken actoren - het Integraal Project "De Drie Beken" uitgewerkt. Het werd goedgekeurd door het Bekkenbestuur. De bevoegde Vlaamse minister gaf op 11 mei 2010 haar goedkeuring aan de doelstellingennota van het project, zodat het verder uitgewerkt kan worden. De minister vraagt in haar goedkeuringsbrief aandacht voor de inrichting van de bij het project betrokken speciale beschermingszones met het oog op de realisatie van de IHD.

Het project bestaat uit drie grote onderdelen, m.n. (1) de sanering van de waterbodem van de Winterbeek - Grote Beek inclusief milderende maatregelen (behoud huidig waterpeil, aansluiten oude meanders, wegwerken verval onder spoorweg te Paasdonk, ...) (2) de herinrichting van de Kleine en de Middelbeek met een verhoging van de waterpeilen in de beken en met een significante toename van de standplaatsen voor grondwaterafhankelijke vegetaties en (3) de uitbreiding en verbetering van de waterzuiveringsinfrastructuur rondom het hele projectgebied om zo overal in het gebied een voldoende goede ecologische waterkwaliteit te realiseren. Daarnaast worden nog een waterkwaliteitsmonitoring en een ecologische monitoring voorzien.