De Kleine Nete is één van de meest natuurlijke rivieren in Vlaanderen en een groot deel ervan werd in het stroomgebiedbeheerplan voor de Schelde als natuurlijk oppervlaktewaterlichaam aangeduid. Volgens de G-IHD komt meer dan 15 % van de Vlaamse oppervlakte van habitattype 3260 voor in de vallei van de Kleine Nete. Het rivierlandschap bestaat uit een laaglandrivier met een natuurlijke waterhuishouding en een vallei met een mozaïek van graslanden, ruigtes, vijvers en bossen. Het omvat de habitattypes laaglandbeken met goed ontwikkelde waterplantenvegetaties (3260), elzenbroekbossen (91E0), mesofiele hooilanden (6510), veldrusgraslanden (6410), alluviale ruigtes (6430), vijvers en meren (3150), en overgangsveen (7140). De actuele oppervlakte aan habitattypes bedraagt ca. 300 ha. De regionale biotopen, belangrijk voor deze natuurcluster (rbbmc, rbbhc, rbbmr), omvatten net geen 100 ha. Deze natuurcluster is leefgebied voor aanwezige habitatrichtlijnsoorten als Bittervoorn, Kleine modderkruiper, Rivierprik, Rivierdonderpad, Beekprik, Spaanse vlag, Rosse vleermuis, en Ruige dwergvleermuis maar ook voor vogelrichtlijnsoorten als Porseleinhoen, IJsvogel, Blauwborst en Bruine kiekendief. Ten slotte zijn er nog een groot aantal habitattypische soorten (vissen, amfibieën, libellen, sprinkhanen, … ) die kenmerkend zijn voor deze natuurcluster.

De belangrijkste knelpunten voor deze habitattypes en bijlagesoorten zijn de waterkwaliteit, het gebrek aan een natuurlijke waterhuishouding en (vismigratie)barrières. De hoofddoelstelling voor deze cluster is het herstel van een natuurlijke riviervallei met een hoog zelfreinigend vermogen en uitbreiding en verbinden van het leefgebied voor de aanwezige habitatsoorten. Deze doelstelling spoort samen met het Stroomgebiedsbeheerplan (SGBP) voor de Schelde, waarin de Kleine Nete als één van de speerpuntprojecten wordt aangewezen. Concreet wordt in het SGBP het bereiken van de goede ecologische toestand tegen 2015 vooropgesteld. Om deze goede ecologische toestand (SGBP) en een goede staat van instandhouding (IHD) van de aanwezige valleihabitattypes te bereiken is een sterke toename van de oppervlaktes aan habitattypes en leefgebieden noodzakelijk. Een essentiële randvoorwaarde hierbij is een goede waterkwaliteit en een natuurlijke waterhuishouding. Hiervoor is het vermijden van directe inspoeling van nutriëntenrijk water in de waterloop, een (lokaal) intact grondwatersysteem (voldoende kwel en beperkte drainage) en een kwaliteitsvolle rivierstructuur met natuurlijk overstromingsregime en hoog zelfreinigend vermogen van belang. De visie van kwaliteits- en structuurontwikkeling binnen SBZ en de verbindende rol van de Kleine Nete tussen de SBZ’s wordt ook ondersteund door de Benelux-beschikking vismigratie en de stroomgebiedbeheerplannen. Deze laatste leggen strengere milieudoelstellingen op voor het gehele Vlaamse oppervlaktewaterlichaam ten einde een voldoende kwaliteit te verkrijgen binnen de SBZ’s. In het hele SBZ-H wordt een deel van de doelstellingen al ingevuld door het uitvoeren van acties uit het bekkenbeheerplan en de deelbekkenbeheerplannen van de Nete. Ook het verminderen van de impact van overstorten is opgenomen in het bekkenbeheerplan. De impact van vermesting door aangrenzende landbouwgebieden moet in kaart gebracht worden. Vervolgens dient in overleg met de landbouwsector een haalbare strategie te worden uitgewerkt voor het effectief realiseren van de doelstellingen.

Voor het volledige gebied (SBZ-H en beide SBZ-V), worden er zes natte natuurkernen tot doel gesteld met een totale oppervlakte van 1400 – 1600 ha. Deze gebieden vervullen naast hun Natura2000-functie ook een aantal ecosysteemdiensten voor een waterloop: versterking zelfreinigend vermogen, zuurstofproductie, primaire productie,…

In deze gebieden wordt daarnaast voldoende leefgebied voor habitattypische soorten gecreëerd:

• (Laagveen)moeras in de Zegge en de Mosselgoren (> 300 ha) met aanwezigheid van een mozaïek aan biotopen zoals laagveen (> 30 ha), elzenbroekbossen (ca. 50 %), rietmoeras, kleine zeggevegetaties, schraalgraslanden, open water, ruigtes, … als leefgebied voor Roerdomp, Bruine kiekendief, Porseleinhoen, Blauwborst, Drijvende waterweegbree en Ringslang.
• Een natte natuurkern (> 300 ha) in de Benedenloop van de Kleine Nete (Dg 11) met aanwezigheid van een mozaïek aan biotopen zoals elzenbroekbossen (> 66%), schorren, traag stromende en stilstaande wateren, natte schraalgraslanden, ruigtes, rietmoerassen, … als leefgebied voor Fint, Kleine modderkruiper, Rivierdonderpad, Bittervoorn, Drijvende waterweegbree, Blauwborst, IJsvogel, Porseleinhoen, …
• Een natte natuurkern (> 150 ha) in de Graafweide/Schupleer (Dg 10) met aanwezigheid van een mozaïek aan biotopen zoals elzenbroekbossen (> 33 %), traag stromende en stilstaande wateren, natte schraalgraslanden, ruigtes, rietmoerassen, … als leefgebied voor Kleine modderkruiper, Rivierprik, Rivierdonderpad, Beekprik, Blauwborst, Porseleinhoen, …
• Een natte natuurkern (> 150 ha) in het Olens Broek/Langendonk (Dg 1) met aanwezigheid van een mozaïek aan biotopen zoals elzenbroekbossen (> 66 %), traag stromende en stilstaande wateren, natte schraalgraslanden, ruigtes, rietmoerassen, … als leefgebied voor Rosse vleermuis, Blauwborst, IJsvogel, Gevlekte witsnuitlibel, Porseleinhoen, …
• Een natte natuurkern (> 150 ha) in de vallei van de Witte -, Zwarte – en Desselse Nete (Dg 6) met elzenbroekbossen (> 66 %), traag stromende en stilstaande zonbeschenen wateren, ruigtes, rietmoerassen, … als leefgebied voor Kleine modderkruiper, Rivierdonderpad, Beekprik en Blauwborst.
• Een natte natuurkern (> 300 ha) in de Moeren, het Hoge Moer en de Watering van Arendonk (SBZ-V Ronde Put) met aanwezigheid van een mozaïek aan biotopen zoals rietmoeras, kleine zeggenvegetaties, open water, elzenbroekbossen (

Gevlekte witsnuitlibel komt voor in deze natuurcluster, maar wordt besproken in natuurcluster alkalische moerassen.