In Vlaanderen komen geen natuurlijke grotten voor. De mergelgroeven in Zuid-Limburg hebben wel een typisch grottenklimaat waardoor het geschikte overwinteringsplaatsen zijn voor vleermuizen. Voor een aantal van de overwinterende vleermuissoorten dient Vlaanderen Speciale Beschermingszones aan te wijzen in het kader van de Habitatrichtlijn. De mergelgroeven van het plateau van Caestert vormen één van de belangrijkste overwinteringsplaatsen voor vleermuizen in de Benelux. Naast hun functie als overwinteringsplaats hebben deze groeven ook een belangrijke historische, geologische en paleontologische waarde. Deze grotten zijn een deel van een enorm complex van mergelgangen dat zich uitstrekt vanaf Lanaye (Visé) tot Maastricht (Nederland). De ontginning van de mergelgroeven van Caestert startte in de loop van de 13e eeuw, voornamelijk door de grote vraag naar bouwsteen. Door eeuwenlange exploitatie ontstond een gangenstelsel met meer dan 15 kilometer galerijen over een oppervlakte van 4 ha. Het microklimaat wordt beïnvloed door een tiental ingangen en door verschillende luchtkokers. In de omgeving komen ook een groot aantal kleinere groeven voor. Hier werd ook op kleinere schaal mergel gewonnen als bodemverbeteraar voor akkers. In Vlaanderen werd een complex van 8 mergelgroeven afgebakend als Speciale Beschermingszone: “de groeven van Zuid-Limburg”. Deze groeven zijn de enige Vlaamse overwinteringsplaats voor Vale vleermuis en Bechsteins vleermuis en het zijn ook belangrijke winterverblijven voor Ingekorven vleermuis en Meervleermuis, allen soorten van de bijlage 2 van de Habitatrichtlijn. Andere in Vlaanderen bedreigde vleermuizensoorten die er voorkomen zijn Baardvleermuis, Brandts vleermuis, Franjestaart, Grijze grootoorvleermuis, Gewone grootoorvleermuis en Ruige dwergvleermuis. Het Habitatrichtlijngebied beperkt zich enkel tot de ondergrondse gedeelten en alle ingangen van deze groeven.