Naast de aanzienlijke structuurverbetering door de aanleg van GOG-GGG’s en ontpolderingen, zal het aantakken van bestaande stilstaande wateren en het herstellen van de winterbeddingen in de bovenlopen de structuur van estuarium en waterlopen verder verbeteren. Door in de niet getij-onderhevige delen van de zijrivieren dijken te verwijderen of te verlagen wordt de winterbedding hersteld. Hierdoor wordt er meer water geborgen in de vallei en is een natuurlijke overstromingsdynamiek opnieuw mogelijk. Dit hernieuwde contact tussen de rivier en haar vallei is noodzakelijk voor de instandhouding van riviergebonden soorten (vissen, bever, otter…). Bovendien kunnen in het winterbed doelstellingen voor terrestrische habitattypes en soorten gerealiseerd worden. Aantakking van stilstaande wateren maakt de uitwisseling van kleine of grote hoeveelheden water en waterorganismen tussen het stilstaande water en het estuarium, eventueel slechts periodiek, mogelijk. Aantakkingen voorzien luwe gebieden die door vissen gebruikt worden als paai- en opgroeihabitat.