Naast de estuariene habitats zijn de SBZ ook aangemeld voor een aantal niet estuariene (wetland) habitattypes.

• habitattype 2310: Psammofiele heide met Calluna en Genista
• habitattype 2330: Open grasland met Corynephorus- en Agrostis-soorten op landduinen
• habitattype 3150: Van nature eutrofe meren met vegetatie van het type Magnopotamion of Hydrocharition
• habitattype 4030: Droge heide (alle subtypes)
• habitattype 6410: Grasland met Molinia op kalkhoudende, venige of lemige kleibodem (Eu-Molinion)
• habitattype 6430: Voedselrijke zoomvormende ruigten van het laagland, en van de montane en alpiene zones
• habitattype 6510: Laaggelegen schraal hooiland (Alopecurus pratensis, Sanguisorba officinalis)
• habitattype 9160: Eikenbossen van het type Stellario-Carpinetum
• habitattype 91E0: Alluviale bossen van met Alnus glutinosa en Fraxinus exelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae).(subtype beekbegeleidend vogelkers-essenbos en essen-iepenbos en subtype mesotroof broekbos op minder voedselrijke standplaaten)

Habitattypes 2310, 2330 en 4030 komen amper voor. Ze onderscheiden zich van de andere habitattypes in bovenstaande lijst door een uitgesproken niet-alluviaal karakter. Enkele relicten en een beperkte oppervlakte aan potentievolle gebieden zijn te vinden op enkele fossiele rivierduinen. Hier vinden we ook relicten van en potenties voor habitattype 9120, Atlantische zuurminnende beukenbossen met Ilex en soms ook Taxus in de ondergroei (Quericion robori-petraeae of Ilici-Fagenion), een habitattype waarvoor de SBZ niet zijn aangemeld.
De overige habitattypes zijn typisch voor alluviale valleigronden en komen in al dan niet aangetaste vorm voor in de vallei van de Schelde en haar getijgebonden zijrivieren. Door bedijking is de natuurlijke overgang tussen schor en achterliggende natte gebieden afgesneden. Onder andere omwille van sociale en economische redenen, maar ook omwille van de bevaarbaarheid van de stroom, is het evident dat op de meeste plaatsen langs de Schelde geen vrij contact tussen rivier en vallei mogelijk is. De terrestrische wetlands die ontstonden in deze lager gelegen (polder)gebieden herberg(d)en tal van Europees te beschermen habitattypes en soorten. Momenteel komt slechts een zeer beperkte oppervlakte van deze habitats in goede lokale staat voor. Een optimalisatie van oppervlakte- en grondwaterbeheer en natuurbeheer zijn nodig om de habitattypes te herstellen. Bij een duurzaam waterbeheer functioneren de gebieden bovendien als kwalitatieve en kwantitatieve buffer voor grond- en oppervlaktewater.

Het voorkomen van habitattype 3150, van nature eutrofe wateren, in Vlaanderen is zeer slecht gedocumenteerd (Leyssen et al., 2009), zo ook in de Scheldevallei. Waarschijnlijk is het overgrote deel van de 135 ha stilstaande voedselrijke wateren die in de SBZ ‘saanwezig zijn niet te beschouwen als habitat. Veelal laat het gebruik (bv visvijvers) en/of de waterkwaliteit de ontwikkeling van de habitat niet toe. Voor habitattype 3140, kalkhoudende oligo-mesotrofe wateren met benthische Chara spp. vegetaties zijn de SBZ niet aangemeld. Dit type komt in Vlaanderen nagenoeg uitsluitend voor in diepe gegraven wateren. Binnen de SBZ’s wordt de plas in het recreatiedomein Nieuwdonk getypeerd als habitattype 3140. Met zijn 26.5 ha beslaat het 35 % van de totale oppervlakte van dit habitattype in Vlaanderen.
Habitattype 7140 Overgangs- en trilveen is nagenoeg verdwenen uit de SBZ’s. In Nieuwdonk en de Wijmeers komen nog enkele kleine relicten voor. Waarschijnlijk kwam dit type vroeger frequenter voor op kwelplaatsen en aan de rand van stilstaande wateren, maar zijn ze sterk achteruit gegaan door verdroging (drainage van de landbouwgronden) en watervervuiling. Potenties zijn vooral aanwezig in bovengenoemde gebieden indien een geschikt waterbeheer wordt ingesteld.

Habitattype 6510, Laaggelegen schraal hooiland (Alopecurus pratensis, Sanguisorba officinalis) is nagenoeg beperkt tot de dijken en komt daar meestal in sterk gedegradeerde vorm voor.
Habitattypes 6430, Voedselrijke zoomvormende ruigten van het laagland, en van de montane en alpiene zones en 91E0, Alluviale bossen van met Alnus glutinosa en Fraxinus exelsior (Alno-Padion, Alnion incanae, Salicion albae).(subtype beekbegeleidend vogelkers-essenbos en essen-iepenbos en subtype mesotroof broekbos op minder voedselrijke standplaatsen) komen nog frequenter voor en over grotere oppervlakte, maar veelal ook in gedegradeerde vorm.

De alluviale valleien van Schelde, Durme en Rupel zijn zeer vlak en liggen lager dan +5 m TAW. De hoogteligging is afhankelijk van het tijdstip van indijking. Het (hoog)waterpeil in de rivier is de voorbije eeuwen voortdurend gestegen, waardoor ook het getijdegebied steeds hoger kwam te liggen. Daardoor liggen recent ingedijkte gebieden hoger dan gebieden die reeds vroeger zijn ingedijkt. De vallei wordt gekenmerkt door een brede alluviale vlakte vaak begrensd door een steilwand waarin een systeem van oeverwallen (veelal onder de huidige dijken) en komgronden te herkennen is. In de alluviale vlakte vormen pleistocene rivierduinen kleine tot grote zandige opduikingen (donken). De bodem van de oeverwallen bestaat uit zandig materiaal, deze van de komgronden doorgaans uit al dan niet venige klei tot zware klei. De bodems in de komgronden zijn onder invloed van een permanent hoge watertafel profielloos. De drainage verloopt via talrijke sloten en grachten die gravitair of via pompgemalen afwateren naar de Schelde. Momenteel wordt de alluviale vallei nagenoeg over haar volledige oppervlakte intensief gebruikt voor landbouw, bewoning, recreatie (vissen, jagen…) en bosbouw. Sterke drainering en intensief landbouwgebruik veroorzaken verdroging, eutrofiëring en vervuiling (pesticiden). Goed ontwikkelde habitattypes komen, op enkele gebieden e na, dan ook nagenoeg niet meer voor.

In de alluviale vallei vormen de wetlandhabitattypes samen met andere (regionaal belangrijke) biotopen essentieel leefgebied voor tal van soorten. Stilstaande en/of langzaam stromende wateren zijn essentieel of belangrijk als (deel van het) leefgebied van kleine modderkruiper, bittervoorn, kamsalamander, poelkikker, gevlekte witsnuitlibel, bever en otter. De bever heeft nood aan waterlopen en stilstaande wateren met beboste oevers, o.a. in alluviale bostypes van het habitattype 91E0. De otter heeft stromende en stilstaande wateren nodig van hoge kwaliteit met voldoende voedsel (vis), rust-, schuil- en nestgelegenheid. Open water, al dan niet in combinatie met (overstroomde of drassige) graslanden vormen het foerageergebied voor vele doortrekkende en overwinterende vogelsoorten (ganzen, eenden, steltlopers) en tal van vleermuissoorten. Vele soorten waarvoor de SBZ’s zijn aangemeld leven in moerasvegetaties. De regionaal belangrijke biotopen rietland en grote zeggenvegetatie zijn, in combinatie met natte ruigtes van habitattype 6430, essentieel als leefgebied voor zeggekorfslak, roerdomp, woudaap, purperreiger, bruine kiekendief, porseleinhoen, blauwborst en als foerageergebied voor de doortrekkende soorten. Vele van deze soorten hebben nood aan grootschalige moerasgebieden al dan niet in combinatie met open water (roerdomp, woudaap, purperreiger, porseleinhoen, bruine kiekendief). Graslanden van het habitattype 6510, in combinatie met andere graslandtypes (de regionaal belangrijke biotopen dottergrasland, kamgrasland en zilverschoongrasland) en ruigtes (waaronder habitattype 6430) vormen essentieel leefgebied voor kwartelkoning... De alluviale bossen van habitattype 91E0 vormen essentieel deel van het leefgebied van bever en kwak. In oudere boscomplexen fungeren oude holle bomen als kolonieplaats voor enkele vleermuissoorten.

De oppervlaktedoelstellingen werden in het Meest Wenselijke Alternatief (MWeA) van het Geactualiseerde Sigmaplan geografische gealloceerd (Anonymus, 2005). Op basis van een uitgebreid multidisciplinair onderzoek (met o.a. maatschappelijke kosten-baten analyse, een landbouweffect rapport, een ecologische potentieanalyse) werden gebiedskeuzes gemaakt waarbij de veiligheidsfunctie (overstromingsgebieden) maximaal gecombineerd werd met de ecologische functie (estuariene natuur onder vorm van GOG-GGG’s [1] en niet estuariene maar overstromings tolerante habitats). Uit deze oefening bleek dat de doelstellingen niet integraal in de SBZ’s konden worden gerealiseerd. Daarom werden instandhoudingsdoelstellingen geformuleerd in gebieden met een veiligheidsfunctie, maar buiten SBZ gelegen.

In het MWeA werd gekozen voor grote blokken van gelijkaardig habitat, om te voldoen aan de minimumoppervlaktevereisten van de habitattypes en om leefgebied te creëren voor enkele zeer kritische soorten die uitgestrekte leefgebieden vereisen (b.v. roerdomp, bruine kiekendief, kwartelkoning, kwak, otter…). Grootschalige open water- en moerasgebieden zijn voorzien in de Kalkense Meersen, de Durmevallei (Molsbroek, Hagenmeersen, Putten van Ham, Vijvers Hof ten Reijen, Oude Durme), Prosperpolder-zuid, Varenheuvel-Abroek en in de vallei van de Grote Nete. Grootschalige graslandengebieden worden ontwikkeld in de Kalkense Meersen (incl. Wijmeers, Paardebroek en Paardeweide), de Durmevallei (Nonnengoed, Potpolder I en IV, Bulbierbroek, Weijmeerbroek), het overstromingsgebied van Kruibeke – Bazel – Rupelmonde, vallei van de Grote Nete, Pikhaken en Hollaken-Hoogdonk en Dorent. Grote blokken alluviaal bos zijn voorzien in de Vlassenbroekse Polder, Schellandpolder en Oudlandpolder (in combinatie met de ander aanwezige boscomplexen in Klein Brabant) en het overstromingsgebied van Kruibeke – Bazel – Rupelmonde. De potenties voor drogere habitattypes (heide en bos) kenmerkend voor de fossiele rivierduinen, laten niet toe om grote aaneengesloten oppervlakten te creëren. Behoud en herstel van deze habitat is voorgesteld in de Wijmeers en de Durmevallei.

[1] GGG: Gecontroleerde overstromingsgebieden met gecontroleerd gereduceerd getij