Waterlopen bestaan uit het habitattype 3260. De middenloop van waterlopen zoals de Mark (deelgebied 17 Markvallei west), de Zwalm (deelgebied 30 middenloop Zwalm) en mogelijk beektrajecten van de Maarkebeek (deelgebied 4 Bos Terrijst) en een deel van de Pachtbosbeek (deelgebied 22 Moenebroek), kunnen beschouwd worden als kenmerkend voor de abiotische karakteristieken van dit habitattype. Aangezien het habitattype 3260 typisch is voor een aantal middenlopen in de SBZ, wordt de ontwikkeling van het habitattype tot doel gesteld voor deelgebieden 17 Markvallei west, 22 Moenebroek en 30 middenloop Zwalm. Hierdoor kunnen ook hier lange termijngaranties gegarandeerd worden voor een stabiele populatie van onder meer de bijlage- en habitattypische soorten als Bittervoorn, Bermpje, Rivierprik en als eerder (tijdelijke) verblijfplaats voor Rivierdonderpad en Beekforel.