Het regulier beheer van de Kalmthoutse Heide is erop gericht de aanwezige biotopen in stand te houden. Begrazing is al jarenlang de belangrijkste beheersmaatregel en bepaalt dan ook in grote mate het uitzicht van het gebied. De huidige begrazing is een extensieve begrazing door schapen en runderen binnen vaste rasters. Hiermee wordt boomopslag en vergrassing tegengegaan en blijft de heide jong en vitaal. Bovendien ontstaat er variatie in het gebied doordat een structuurrijke vegetatie wordt gecreëerd. Aanvullend worden er continu, verspreid over het gebied, inspanningen geleverd om verbossing en successie van heidevegetaties tijdelijk terug te draaien: plaggen van zowel natte als droge heide, open maken van landduinen, kappen van boomopslag, verwijderen van exoten e.d.Door achterstallig beheer of door externe factoren zoals brand zijn de waardevolle biotopen op verschillende locaties verdwenen. Regulier beheer volstaat dan ook niet. Herstelbeheer is noodzakelijk om de groeiomstandigheden voor deze biotopen opnieuw te creëren. Grote delen van de Kalmthoutse Heide hebben sterk te lijden onder vergrassing, mede als gevolg van de grote brand in 1996. De extensieve begrazing volstaat niet om deze vergrassing terug te dringen. Vanaf het begrazingsseizoen 2011 zal daarom stootbegrazing toegepast worden met behulp van een geherderde schaapskudde om de vergrassing plaatselijk terug te dringen. Er bestaat de intentie om samen met de drie andere beheerders van het Grenspark (Natuurmonumenten, Staatsbosbeheer en Natuurpunt) een nieuwe aanvraag voor een LIFE-project in te dienen. Dit project zal gericht zijn op het herstel van de waterhuishouding en de waterafhankelijke biotopen.Naast regulier en herstelbeheer dient er in dit bij uitstek brandgevoelig gebied blijvend aandacht te zijn voor brandpreventie.