De benedenloop van de Kleine Nete (deelgebied 11 en het uiterste westen van deelgebied 10) is onderhevig aan het getij en is bijgevolg belangrijk voor de ontwikkeling van estuariene natuur.. Het betreft concreet het habitattype estuariene schorren (1130). De oppervlakte bedraagt actueel 14 ha. De habitatvlek kent door de bedijking van de Kleine Nete een langgerekte lineaire vorm en is zeer gevoelig voor externe verstoring. Het onderwatergedeelte van dit habitattype is paaigebied voor Fint. De belangrijkste knelpunten voor dit habitattype zijn de nog ondermaatse waterkwaliteit en het gebrek aan natuurlijke schorrenvegetaties. Het herstel van de schorrenvegetaties , een verbetering van de waterkwaliteit en een kwaliteitsverbetering van de aanwezige schorren vormen de belangrijkste doelstellingen voor dit habitattype. Creatie van bijkomende slik- en schorrenvegetaties binnen het SBZ worden bij de verdere uitwerking best onderzocht.