Er moet een onderscheid gemaakt worden tussen de habitattypische soorten en de Europees te beschermen soorten. Habitattypische soorten zijn soorten die kenmerkend zijn voor één of meerdere habitattypes. Voor deze soorten zijn er geen expliciete doelen, gezien zij zullen ‘meeliften’ met de habitatdoelen. Op Vlaams niveau moeten ze wel in een goede staat van instandhouding zijn. Als dat niet zo is, kan het overeenkomstig habitat niet beschouwd worden als ‘in goede staat’. Dit betekent dus dat ook met deze soorten voldoende rekening moet worden gehouden.

Voor de Europees te beschermen soorten zijn er specifieke doelen opgesteld - natuurdoelen voor soorten. Om deze doelen te halen, moet er voldoende leefgebied voor deze soorten bestaan. Naast het behoud en de bescherming van het bestaande leefgebied, moet er voor heel wat soorten, ook leefgebied bij gecreëerd worden. Vaak valt dit leefgebied samen met habitat, maar voor een aantal soorten bestaat het leefgebied ook uit niet-habitat. Dit extra leefgebied moet via soortbeschermingsmaatregelen gecreëerd worden. Om hieraan al gedeeltelijk tegemoet te komen, worden binnen het zoekzonemodel voor vier soorten (porseleinhoen, roerdomp, grauwe klauwier en kwartelkoning) zones afgebakend waarbinnen in een latere fase leefgebied kan gecreëerd worden. In deze fase wordt voor soorten nog niet met een zoekzone gewerkt.

Voor een aantal soorten is het ook nodig om verbindingen te voorzien tussen leefgebiedsdelen om een duurzame populatie te verzekeren. Deze verbindingen bestaan niet noodzakelijk uit habitat en kunnen ook buiten een speciale beschermingszone (SBZ) liggen. De realisatie van zulke verbindingen is opgenomen in de prioritaire inspanningen in de specifieke instandhoudingsdoelstellingenbesluiten (S-IHD). Het instrument om ze te realiseren zijn de soortenbeschermingsprogramma's.