Waterlopen in de valleien van dit gebied zijn volgens de G-IHD zeer belangrijk voor enkele Europees te beschermen soorten: IJsvogel, Bittervoorn, Grote modderkruiper, Drijvende waterweegbree. Ook een aantal vleermuissoorten is aan dit landschap gebonden (bv. Watervleermuis en Meervleermuis). Deze stellen een aantal eisen aan het leefgebied zoals handhaving of herstel van ecologisch waardevolle waterlopen met een goede waterkwaliteit, natuurlijk visbestand in evenwicht met de draagkracht van het systeem en natuurlijke oevers met oeverbegroeiing (zie Kleine dwergvleermuis, Ruige dwergvleermuis, Rosse vleermuis, Watervleermuis, Meervleermuis).

De Demer is bovendien sturend voor de waterhuishouding van de hele vallei. Voor herstel van de moerassen, natte bossen, natte graslanden en ruigten in de Demervallei (zie andere Landschappen) is rivierherstel eveneens cruciaal, aangezien de indijking en verdieping van de Demer geleid hebben tot verdroging van de vallei. Bovendien vormt de Demer het grootste open wateroppervlak in grote delen van de vallei, en is oa. van belang als foerageergebied voor moerasvogels. Ter hoogte van deelgebied Wijgmaalbroek is de Dijle de bepalende waterloop voor de aanpalende valleigronden. De Kalsterloop beïnvloedt de waterhuishouding van het deelgebied 11 Meren-Kalsterbos

De belangrijkste doelstellingen zijn de verbetering van de kwaliteit van het leefgebied onder de vorm van een verbetering van de oppervlaktewaterkwaliteit, de verbetering van de structuurvariatie van de waterlopen, en het herstel van de rivierdynamiek en de relatie rivier-vallei met oeverwallen en komgronden. De herinrichting van de Demervallei tussen Diest en Werchter betreft een grootscheeps investeringsproject, waarvoor ook nog andere voorbereidende studies dienen opgemaakt te worden, zodat de fysische en praktische haalbaarheid van ecologisch herstel kan bekeken worden.