De realisatie (allocatie) van de Europese natuurdoelen die gekoppeld zijn aan SBZ’s gebeurt in regel binnen SBZ’s. Soms kan het wel noodzakelijk zijn om inspanningen te doen buiten SBZ’s, bijvoorbeeld om goede milieucondities te bereiken of om  bepaalde kernen te verbinden voor een goede staat van instandhouding.

Bestaande habitats buiten SBZ’s moeten behouden blijven en kunnen in bepaalde gevallen ook uitbreiden, bijvoorbeeld om een gunstige staat van instandhouding te bereiken. Voor o.a. boshabitats moet zelfs een belangrijk deel van de realisatie buiten SBZ’s gebeuren, meer bepaald 23.000 ha bosdoelen. Over de aanpak van de realisatie van die doelen buiten SBZ’s worden nog afspraken gemaakt op Vlaams niveau.