De grootste klemtoon van het natuurinrichtingsproject Zwarte Beek ligt op het valleigedeelte waar er hydrologische herstelmaatregelen worden genomen. Die zijn niet alleen nodig om de elzenbroekbossen, de kleine zeggenvegetaties, de vochtige (heischrale) graslanden, de open waters en de verlandingsvegetaties te behouden, te herstellen en te ontwikkelen, maar ook om het veenpakket te herstellen en te beschermen